Войска Прибалтийского особого военного округа прикрывали южное побережье Финского залива и побережье Балтийского моря (от Рижского залива до Мемеля), а также сухопутную границу Литовской ССР с Восточной Пруссией. Совместно с Балтийским флотом этот округ оборонял также острова Хиума (Даго) и Сарема (Эзель). На этом рубеже должны были развернуться войска 8-й армии, которыми командовал генерал-майор Собенников П. П., и 11-й армии под командованием генерал-лейтенанта Морозова В. И. Основные силы (22-й и 24-й стрелковые корпуса) 27-й армии, которой командовал генерал-майор Берзарин Н. Э. располагались в глубине. Две дивизии этой армии находились на побережье Балтийского моря от Таллина до Лиепаи, а 3-я отдельная стрелковая бригада — на островах Хиума и Сарема.
Развертывание войск 8-й и 11-й армий к началу войны не было завершено. Из армий прикрытия непосредственно к границе были выдвинуты лишь несколько частей и подразделений. Но и они не были должным образом подготовлены к упорной обороне.
Необходимо отметить, что за несколько дней до начала войны в Прибалтийском военном округе были проведены некоторые мероприятия по ведению в случае нападения агрессора подвижной обороны. Согласно приказу командующего округом от 18 июня 1941 г. в 8-й и 11-й армиях организовали полевые склады противотанковых мин и взрывчатых веществ на случай необходимости устройства заграждений на важнейших направлениях. На тельшайском, шауляйском, каунасском и калварийском направлениях создавались «подвижные отряды минной противотанковой борьбы», состоявшие из стрелковых, артиллерийских и инженерных подразделений. Для этой цели были выделены, противотанковые мины, которые перевозились на автомашинах. Кроме того, командующим армиями было приказано прорекогносцировать наиболее ответственные мосты в полосе от государственной границы до линии Шауляй-Каунас-р. Неман и к 21 июня выделить и сосредоточить около мостов команды подрывников и необходимое количество взрывчатых веществ с целью подрыва их в случае захвата противником.[40]
На мосты через р. Неман в полосе прикрытия войск 11-й армии заряды укладывали команды 4-го понтонно-мостового полка, подчиненного командующему 11-й армией. Начальникам команд было дано указание, что подрывать мосты они могут только по приказу командиров дивизий, действовавших в первом эшелоне, или уполномоченных ими лиц.
Разведывательные органы округа за 2–3 дня до начала войны установили, что немецкие войска, расположенные в Восточной Пруссии, получили приказ занять исходное положение для наступления. Об этом доносилось и в Генеральный штаб. Но, как отмечалось выше, действенные меры по приведению войск в состояние повышенной боевой готовности с целью срыва удара агрессора приняты те были. Военный совет округа на занятие оборонительных рубежей в приграничных районах не имел разрешения.
За несколько дней до нападения немецко-фашистских войск из лагерей начали выводиться в позиционные районы артиллерийские части и подразделения. Однако из-за недостатка средств тяги выдвижение производилось медленно, вследствие чего к 22 июня огневые позиции заняли лишь отдельные подразделения, которые к тому же имели недостаточное количество боеприпасов. Артиллеристы не успели организовать взаимодействие с пехотой и танками. Они не оборудовали огневые позиции в инженерном отношении, что обусловило уязвимость артиллерии от ударов авиации и танков противника. В связи с этим артиллерийские части и подразделения не могли обеспечить создание устойчивой обороны, сильной в противотанковом и противовоздушном отношениях.
В этой неблагоприятной обстановке и началась война. Одновременно с вторжением сухопутных войск вражеская авиация рано утром 22 июня произвела мощные бомбовые удары по аэродромам, военным городкам и узлам связи Прибалтийского особого военного округа, а также по крупным железнодорожным узлам и портам Каунас, Вильнюс, Шауляй, Рига, Вентспилс (Виндава) и Лиепая (Либава). В результате этих ударов войска округа понесли значительные потери в силах и средствах. Сильно было нарушено управление войсками и несколько заторможено железнодорожное сообщение. Большие потери понесла наша авиация. Это произошло потому, что инициатива нанесения первых ударов по нашим аэродромам была в руках противника, а авиационные дивизии округа не имели четко поставленных конкретных боевых задач на случай нападения агрессора.[41]
Поднявшиеся по тревоге самолеты после первого налета противника находились около часу в зоне ожидания, а затем вновь садились на свои аэродромы.[42] Командиры авиационных соединений получили распоряжение держать части в постоянной боевой готовности к выводу из-под удара, но перелетать границы самолетам не разрешалось. Истребительной авиации было приказано вступать в воздушный бой с противником только над своей территорией.