После похода Владимира влияние Византии в Таврике постепенно падает, а Русское государство, напротив, укрепляет свои позиции. По-видимому, тогда к Тмутараканскому княжеству отошли земли в Восточном Крыму, где был расположен город Корчев (от слова «корча» – кузница) – современная Керчь.
Появление в середине XI в. в Северном Причерноморье половцев, а также начавшийся распад Руси способствовали ослаблению связей русских земель с Крымом. Так, после 1094 г. в русских летописях исчезают всякие упоминания о Тмутаракани. Последний раз о ней говорится в знаменитой поэме «Слове о полку Игореве». Однако известно, что русские купцы постоянно бывали в Крыму.
В XIII в. на Крымский полуостров пришли монголы. В 1444 г. вследствие распада Золотой Орды здесь формируется Крымское ханство. В этот же период происходило и становление единого Русского государства. Главнейшей задачей этого государства являлось тогда освобождение от ордынского ига. Против претензий ханов Большой Орды восстановить свою власть над Крымом боролись и крымские ханы. Борьба с Большой Ордой сделала Москву и Крым естественными союзниками. В 1474 г. великий князь московский и всея Руси Иван III и крымский хан Менгли-Гирей заключили союзный договор. Они совместно противостояли Большой Орде и ее главному союзнику – Великому княжеству Литовскому.
Когда в 1480 г. хан Большой Орды Ахмат двинул к границам Руси свое огромное войско, Менгли-Гирей совершил крупный набег на Великое княжество Литовское и страшно опустошил земли вокруг Киева. Великий князь литовский не рискнул оставить свои владения и оказать помощь Ахмату. В итоге полуторамесячных упорных и ожесточенных боев на реке Угре в сентябре – октябре 1480 г. (получивших наименование «Стояние на Угре») Русь свергла ордынское владычество. Этому в весьма значительной мере способствовало Крымское ханство.
Союзные отношения между Крымским ханством и Русским государством сохранялись до начала ХVI в. Совместными усилиями сторон Большая Орда была окончательно уничтожена.
В 1505 г. ушел из жизни Иван III, создатель Российского государства, получивший от современников прозвище Великий. В 1515 г. скончался хан Менгли-Гирей. Н.М. Карамзин писал о нем: «Испытав непостоянство судьбы, умный, добрый Менгли-Гирей хотел взять меры на случай новых превратностей и заблаговременно изготовить себе убежище. Сия печальная мысль расположила его к верному дружеству с Иоанном».
Последующие отношения России и Крымского ханства складывались чрезвычайно напряженно, поскольку крымские ханы (ставшие вассалами могущественной Османской империи) стремились воссоздать Золотую Орду, захватив Казань, Астрахань, а то и саму Москву. Крымское ханство претендовало также на получение ордынской дани (как от Московского государства, так и от Великого княжества Литовского). Огромный ущерб русским землям наносили постоянные набеги крымцев. Главной их целью был захват пленников для дальнейшей продажи их в рабство. В этих условиях одной из важнейших внешнеполитических целей России в ХVI – ХVII вв. стала защита своих южных рубежей.
Основным способом решения этой задачи долгое время оставалось строительство пограничных укреплений – засечных черт. Они представляли собой систему крепостей, стен, валов, лесных завалов (засек), тянувшуюся на многие сотни верст. Особенно грандиозные работы начались в 1635 г. и закончились в 1653 г. Была создана знаменитая Белгородская засечная черта, Крайней западной точкой ее была крепость Ахтырка (неподалеку от нынешнего Харькова). Далее укрепления шли через Белгород, Воронеж, Тамбов и в Симбирске подходили к Волге. Преодолеть эту линию укреплений легкая татарская конница уже не могла.
Новый этап русско-крымских отношений был связан с воссоединением Украины с Россией в 1654 г. По Крыму тогда поползли слухи о близком конце и ханства, и даже мусульманской веры. «Сказывали волхвы их, абызы, – писали в своем отчете русские послы к хану, – что де идет Крымскому юрту кончина, и немного де быть им на Крымском юрте …что им быть в своей вере и владеть Крымом немного, лет семь, или восемь, а то все будет вера православная». Россия на юге от обороны постепенно переходит в наступление на Крымское ханство и Османскую империю. Его целью являлись полное искоренение угрозы опустошительных набегов, хозяйственное освоение плодородных земель Северного Причерноморья и обретение выхода к Черному морю.
Войны России с Турцией и Крымом конца ХVII – начала ХVIII в. продемонстрировали возросшую военную мощь России, но шли с переменным успехом. После неудачи Прутского похода Петр I вынужден был отказаться от территорий на подступах к Крыму, завоеванных в результате Азовских походов.