Бонапарт никогда прежде не управлял армией такого размера. На бумаге все это выглядело чудом его гения логистики. На месте же она оказалась слишком огромной и растянутой. Император планировал быстро перемещаться между двумя русскими армиями, разгромить одну из них или даже обе, если получится, потом двинуться к Москве. Он рассчитывал, что поражение на поле боя вынудит Александра сесть за стол переговоров. А если этого не произойдет, то потеря древней столицы, Москвы, не оставит царю иного выхода, кроме окончательной капитуляции. Но с самого начала и до конца царь почти ничего не делал, бросив две свои армии совершать одну грубую ошибку за другой. В воображении Бонапарт рисовал себе это вторжение как попытку юга захватить север, потому что себя император идентифицировал с южным Средиземноморьем в противовес великим равнинам северной части Европы. У него были весьма скромные познания в истории, потому что в его представлении обычно север покорял юг. Это мнение было ошибочным. На самом деле обычно запад покорял восток. Летом на огромных среднерусских равнинах царили зной и засуха. Поэтому первым неожиданным противником огромной армии стали жара, жажда и плохая вода, которая была возбудителем инфекционных заболеваний. К концу лета боевая численность армии сократилась вполовину. Фатальная политика по сокращению численности лошадей привела к массовому забою несчастных животных. Скорость продвижения войск значительно снизилась. Огромные запасы быстро истощались. Но в отличие от Испании крестьян невозможно было ни подкупить, ни вынудить пополнять рацион наступающих войск. И пытки не приносили никаких результатов. Крестьяне просто поджигали собственный урожай, а когда удавалось, то вместе с урожаем сжигали и дезертиров Великой армии.
Только в конце первой недели сентября, спустя двенадцать недель непрерывного марша, Бонапарт смог, наконец, вынудить противника принять первое крупное сражение, которое он планировал с самого начала. В распоряжении главнокомандующего русской армией Кутузова было более чем 70 тысяч штыков пехоты, 25 тысяч кавалеристов и казаков плюс нерегулярные войска и 600 артиллерийских орудий. Он занял хорошо укрепленные позиции под деревней Бородино, которая располагалась в восьмидесяти милях к юго-западу от Москвы. Бонапарт двигался от Смоленска с наступающей армией в 160 тысяч штыков плюс более 550 орудий. Но к тому времени, когда армия подошла к намеченным позициям, ее численность значительно сократилась. К началу сражения, 5 сентября, стояла все еще жаркая летняя погода, и Бонапарт, зная, как его маршалы боятся наступления зимы, сказал им: «Господа, вот вам солнце Аустерлица». Они вспомнили, как в день той великой битвы, когда они наголову разбили русские войска, сквозь зимнюю мглу просвечивало солнце. Но тогда русские были за сотни миль от родного дома, в незнакомом чужом краю, и сражались они в войне, цели которой им были совершенно неясны. Теперь же они защищали свою землю. Основные боевые действия развернулись 7 сентября и длились с 6 утра до шести вечера. А на рассвете следующего дня русские войска снялись с позиций и в организованном порядке отступили. Технически это была победа Бонапарта, но потери с обеих сторон были просто огромными: 40 тысяч у русских и, наверное, 50 тысяч человек с французской стороны. Бонапарт, в отличие от русских, был лишен возможности компенсировать такие потери. И тем более он не мог пополнить боеприпасы для артиллерии, а огонь по русским редутам велся непрерывно весь день.
После сражения, которое так дорого обошлось Бонапарту, путь на Москву был открыт, и жители массово покидали старую столицу. Бонапарт въехал в Москву 14 сентября, а на следующий день генерал-губернатор Ф. В. Ростопчин приказал поджечь дома, большинство из которых были деревянными. Три четверти города уничтожил огонь, остался только Кремль, который разграбили французы. В городе осталось много крепкого алкоголя, но мало провианта, поэтому пришлось забивать на мясо лошадей, которые и так были на вес золота. Повсюду можно было наблюдать отвратительные сцены пьяного мародерства. Бонапарт с отвращением и все возрастающей нервозностью ожидал капитуляции русского царя, но царь снова ничего не предпринял. Личное письмо Бонапарта и две делегации с инструкциями об условиях заключения мирного договора тоже были проигнорированы или пренебрежительно отклонены. К середине октября Бонапарт понял, что вот-вот начнутся обильные снегопады, и зимой ему из Москвы не выбраться. У него не оставалось другого выхода, кроме отступления к Смоленску, а возможно, и дальше.