Эта новая конституция была обнародована 13 декабря 1799 года; вслед за плебисцитом, она распустила Директорию и сопутствовавшие ей советы представителей, а также учредила институт консульства на манер древнего Рима. Первым консулом был назначен Бонапарт, другими стали Сийес и череда незначительных политических фигур. Были учреждены также различные органы управления: Государственный совет (
Но вначале ему нужно было оправдать безграничную власть личной военной победой во главе армии. И элита, и народ возвысили героя на белом коне, чтобы он установил порядок после многих лет революционных потрясений и смуты. Но теперь он должен был разбить врагов страны. В отсутствие Бонапарта австрийцы снова заняли большую часть северной Италии, сведя к нулю все победы его прежней кампании и нарушив Кампо-Формийский мирный договор. Так что теперь Италия стала для него привычным полем боя. В начале 1800 года он занимался реорганизацией армии, потом лично возглавил пятидесятитысячную армию, устроив в качестве прелюдии к предстоящей кампании проход по перевалу Большой Сент-Бернар в то время года (конец мая), когда в горах было все еще холодно, и перевал был покрыт глубоким снегом. Этот поход запечатлен в одной из лучших картин Жака-Луи Давида, на которой Наполеон изображен в виде всадника, подгоняющего свои войска среди горных снегов. На самом деле он поднимался в Альпы на понуром муле, которого неустанно осыпал бранью и хлестал, потому что тот постоянно соскальзывал и спотыкался на льду. Но Бонапарт действительно провел своих людей через горы целыми и невредимыми, хотя они и потеряли на перевале большую часть тяжелого вооружения. «Мы поразили австрийцев, как гром среди ясного неба!» – торжествовал Бонапарт.
Вторая итальянская кампания была рискованным предприятием, несколько раз Бонапарт был близок к провалу. Кульминационное сражение при Маренго (14 июня 1800 г.), где в артиллерии Бонапарта было совсем мало орудий и всего 24 тысячи солдат против сильно превосходящих сил австрийской армии, чуть не закончилось поражением. Его спас его любимчик, генерал Дезе, который позволил Бонапарту провести неожиданную контратаку после четырнадцати часов изнурительных боев. Именно эта атака повергла австрийцев в паническое бегство – они потеряли 14 тысяч человек. Дезе погиб в момент триумфа. Это вызвало у Бонапарта редкое для него чувство благодарности. Битва у Маренго преподносится как одна из самых эффектных побед Бонапарта, однако на самом деле исход боя был неясен, и чаша весов могла склониться в любую сторону. Это сражение не закончило всю войну, которая тянулась все лето и осень, пока другая французская армия не уничтожила основные силы австрийцев при Гогенлиндене (3 декабря), оставив Вену совершенно без защиты. Люневильский мирный договор был подписан в феврале 1801 года. Австрия была вынуждена признать всевозможных сателлитов Франции в Голландии, Германии и Италии, а Франция закрепила свои восточные границы по берегу Рейна. Бонапарт не остановился на этом мирном договоре, и за ним скоро последовал Амьенский мирный договор с англичанами. Наградой Бонапарту стал титул пожизненного консула.