Бонапарт никогда прежде не сталкивался с подобной ситуацией. Победа в Австрии сыграла свою роль: как только австрийские войска потерпели поражение на поле боя, и столица была оккупирована, австрийцы тотчас запросили мира. Пруссия повела себя точно так же после поражения под Фридландом. Большие гарнизоны в почти неприступных хорошо оснащенных крепостях покорно сдавались, как только на горизонте показывалась французская кавалерия. Но в Испании, чем больше войск вводил император, тем яростней становилось сопротивление. В Мадриде под командованием Мюрата, назначенного военным губернатором столицы, было 30 тысяч солдат. В Португалии под предводительством Жюно была 25-тысячная армия, еще 20 тысяч солдат стояли вдоль реки Тахо, 15 тысяч – в Каталонии, и 30 тысяч в резерве, в Кастилии – всего 120 тысяч. Испанская армия терпела поражение за поражением, и шансов изменить это положение у нее не было. Вскоре у французской армии закончились запасы продовольствия и фуража. Все продукты приходилось доставлять из Франции, а Бонапарт отказывался высылать их. И тогда французы стали отнимать продовольствие у запасливых крестьян. Бедных земледельцев вешали, пытали, их жен насиловали, за этим следовали неизбежные ответные удары – нападения на отдельные группы солдат, захваченных врасплох, всех их кастрировали и сжигали заживо. Испанцев, которые занимали должности при французских властях, убивали. В наказание оккупанты сжигали целые деревни. Испания стала театром, где происходили самые чудовищные военные преступления, которые с такой пугающей достоверностью изобразил Гойя.
В конце 1808 года Бонапарт взял руководство в собственные руки. Он привез с собой своих лучших генералов – Сульта и Нея, Лефевра и Виктора, и еще больше войск. Жозеф чувствовал, что просто обязан очистить Мадрид. В декабре Бонапарт во главе 45-тысячной армии без труда снова занимает город. Император немедленно издает целую серию декретов и реформ, но все они упали в бесплодную почву. У Бонапарта был наготове всеобъемлющий генеральный план, который принес несколько второстепенных побед. Близ города Корунья он вынудил отступить 30-тысячную британскую армию под командованием генерала сэра Джона Мура, которая прибыла на помощь испанскому совету. К январю 1809 года Бонапарт уже три месяца провел в Испании, и с него было довольно. Император объявил, что эту проблему он уже решил и теперь возвращается к более насущным проблемам своей империи.
Но на самом деле ничего еще не было решено. Хотя Мур был убит, его войска не понесли тяжелых потерь. Имея полное превосходство на море, британцы без особых проблем могли погрузить попавшие в трудное положение войска на свои корабли и высадить их в другой точке на побережье. Преемником Мура стал сэр Артур Уэлсли (позже получивший титул первого герцога Веллингтонского). Он сделал себе имя в Индии, и поэтому и его коллеги, и французы презрительно называли его «генерал сипаев». Он идеально подходил для выполнения поставленной задачи. Генерал выбрал тактику изматывания противника. Он поддерживал испанские войска и берег свою собственную армию. Уэлсли без колебаний оставлял города и плацдармы, когда этого требовала ситуация, и отступал на заранее подготовленные позиции. Он предпочитал оборонительные бои. Но если ситуация складывалась в его пользу, англичанин был способен провести хорошо подготовленную атаку. В отличие от Бонапарта он не был великим стратегом, и не имел таланта к блицкригам. Но Уэлсли являл собой монумент терпению и умению довольствоваться малыми победами. Веллингтон понимал, что война за полуостров будет долгой, и оказался прав: кампания продлилась шесть лет и стала самой длительной за весь период наполеоновских войн.