Талейран считал блестящий интеллект Наполеона существенной причиной его последующего краха. По мнению Талейрана, император принимал во внимание слишком много случайностей, ожидая самых невероятных опасностей со стороны ближайших соседей (состояние ума, неизбежно ведущее к войне). До Аустерлица его внешняя политика была по большей части оборонительной, более или менее связанной с «естественными границами» по Альпам и Рейну. Однако эта внушительная победа опьянила его, создав ощущение непобедимости. Он возжелал править Европой.
Для других это его состояние не было заметно сразу же после Аустерлица. Многие в Британии, равно как и во Франции, верили в возможность мира теперь, когда у руля британской внешней политики стал Чарлз Джеймс Фокс. Император предложил Британии Мальту и, в тайне, Ганновер, хотя уже и отдал его Пруссии. Он хотел, чтобы взамен Британия, позволила ему оккупировать бурбонскую Сицилию. Однако это было неприемлемо для англичан, и переговоры провалились. В сентябре умер Фокс, успев пробыть на своем посту всего несколько месяцев. Годы спустя Наполеон писал, что будь Фокс жив, его карьера была бы блестящей - «мы бы установили в Европе новый порядок».
Британия сообщила Пруссии, что ей был предложен Ганновер, и пообещала субсидировать прусскую армию, если она выступит против французов. Царь Александр посетил Берлин, чтобы убедить короля Фридриха Вильгельма III объявить войну. Волна антифранцузских настроений прокатилась по Пруссии. Несмотря на победы Франции в последние годы пруссаки считали свои вымуштрованные войска лучшими в Европе, как это было при Фридрихе Великом. После объявления войны 1 октября 1806 года, вместо того чтобы подождать наступления Наполеона и подхода русских подкреплений, сто шестьдесят тысяч пруссаков выдвинулись в Саксонию слишком Широким фронтом, заняв позиции на реке Заале и оставив склады в Наумбурге без должной защиты. С самого начала прусская кампания была самоубийственной. 10 октября прусский принц Людвиг был убит, после чего французы захватили Наумбург, взорвав склады и отрезав пруссаков от источника боеприпасов. 15 октября» форсировав реку Зааль возле Йены, Наполеон разгромил принца Гогенлоэ, выведя из строя 12000 человек, захватив в плен 25000 и взяв в качестве трофеев 200 пушек. В тот же день маршал Даву, охранявший одну из переправ через реку Заале с двадцатью шестью тысячами человек, был атакован у Ауэрштедта герцогом Брауншвейгским, численность отряда которого достигала шестидесяти тысяч. Кавалерия, на которую так рассчитывали пруссаки, раз за разом пыталась прорваться через французские каре. Даву перестроил свои полки и цапал на пехоту неприятеля, смяв ее. Герцог Брауншвейгский и двое его высших офицеров были смертельно ранены, 10000 пруссаков было убито и ранено, в качестве трофеев французы захватили 115 пушек. Пруссаки были ошеломлены. Один из их офицеров описал потом французов, как маленькие, жалкие создания, которые под огнем становятся «сверхчеловеками». Кавалерия Мюрата преследовала пруссаков по пятам, не давая перевести дух. Гогенлоэ с 20 тысячами человек сдался. 27 октября император въехал в Берлин под звуки «Марсельезы», выбранной в связи с его антироялистскими настроениями. Фридрих Вильгельм укрылся в Мемеле. К 8 ноября прусской армии больше не существовало. Кроме Мемеля, держался Кенигсберг и еще несколько городов.
Пруссия относилась к своей армии, как к старой семейной реликвии, которую достали из сундука и, стряхнув пыль, решили использовать для дела. Прусские генералы слепо следовали стратегии пятидесятилетней давности.
Средн пленников, захваченных французами, был прусский принц Август и его двадцатишестилетний адъютант капитан Карл фон Клаузевиц. Следующие два года им предстояло провести в плену. Впоследствии Клаузевиц с горечью писал, что прусские генералы «сами бросились в пасть ко льву, как бы подчиняясь приказу Фридриха Великого, и умудрились обеспечить разгром армии Гогенлоэ в такой степени, в какой никогда ещё не была разбита ни одна армия. Все это было проделано способом, давно изжившим себя, усугубленным невероятной тупостью». В другом месте он пишет, что «позор трусливого подчинения врагу никогда не будет смыт!» - слова, которые Гитлер процитирует в «Майн кампф».