Наполеон на первых порах думал только о том, чтобы стать одним из директоров, но конституция III года дозволяла выбирать в директора только людей не моложе 40 лет, поэтому планы Сиейса, конечно, были ему на руку. Впоследствии он сам говорил, что никогда не проявлял столько ловкости, как по возвращении из Египта. «Я видался с Сиейсом и обещал ему свою помощь в осуществлении его многосложной конституции. Я принимал якобинских вождей, принимал бурбонских агентов и никому не отказывал в своих советах, но всегда их давал в интересах собственных планов», — признавался потом Наполеон. «А когда я сделался главой государства, то во Франции не было партии, которая не связывала бы с моим успехом какой-либо надежды!»… Наполеон обещал свое содействие планам Сиейса, но потребовал только некоторых изменений, а именно: чтобы до окончательного введения новой конституции было назначено временное правительство, в состав которого и он должен был войти, вместе с Сиейсом и Роже-Дюко. Сиейсу это не очень нравилось, но противиться Наполеону он не посмел. Насколько Сиейс сам опасался Наполеона и прозревал его намерения, доказывают его собственные слова: «Я пойду с генералом Бонапартом, но я знаю, что меня ожидает. После успеха генерал оставит нас позади и вот что сделает с нами». — Сиейс оттолкнул своих собеседников назад и очутился один посреди комнаты, наглядно показав, как поступит с ним Наполеон.
Тщательно обдумав план переворота, который должен был совершиться во имя свободы и республики, заговорщики привели его в исполнение 18-го брюмера (9-го ноября), распустив предварительно слух об опасном якобинском заговоре. Совет старшин, под влиянием Сиейса, на стороне которого было большинство, вотировал перенесение заседаний обеих палат в Сен-Клу, что было нужно заговорщикам для того, чтобы якобинцы совета не помешали всему делу, соединившись с населением предместий. Сиейс справедливо рассчитывал, что вне Парижа совет будет сговорчивее. В cодействии войска он не сомневался, так как армия боготворила Наполеона, которого уже тогда называли
Конечно, речь Наполеона была покрыта аплодисментами. Вслед за тем он обратился с прокламацией к войску, в которой говорил: «Два года уже республика плохо управляется. Вы возложили свои надежды на то, что мое возвращение положит конец всем этим бедствиям и отпраздновали это возвращение с единодушием, налагающим на меня обязанности, которые я теперь и выполняю… Свобода, победа и мир возвратят французской республике то место, которое она занимала в Европе, и которого могли ее лишить разве только неспособность и измена!»
В тот же день, согласно уговору, Сиейс и Роже-Дюко подали в отставку, и Наполеон написал Баррасу и потребовал от него, чтобы он тоже подал прошение об отставке. Это было нужно для того, чтобы совсем уничтожить существовавшую в то время исполнительную власть. С выходом же в отставку трех членов, директория фактически упразднялась. Баррас не стал сопротивляться и прислал сказать об этом Наполеону, а тот, в присутствии посторонних свидетелей, обратился к посланному с такими словами: «Что сделали вы из Франции, которую я вам оставил в таком блестящем положении? Я оставил вам мир, а по возвращении своем нашел войну. Я оставил вам победы, а теперь вижу поражения. Я оставил вам итальянские миллионы, а по возвращении нашел расхищенную казну и нищету! Что сделали вы с сотнями тысяч французов, мне хорошо известных, моих товарищей по славе? Их нет более в живых! Такой порядок вещей не может дольше продолжаться!
Гойе и Мулен, два не вышедшие в отставку директора, пробовали было протестовать против заявлений Наполеона, но были потом задержаны в Люксембургском дворце по его приказанию. Сиейс предлагал Наполеону арестовать еще десятка два-три членов совета пятисот, но Наполеон отказался, не желая показать, что он их боится.