«Я, как и мои предшественники во втором и третьем поколении, всегда считал себя единственным старшим сыном церкви, вооруженным мечом, чтобы покровительствовать ей и защищать ее от греческой и мусульманской скверны», — с некоторым опозданием, но весьма грозно ответил Наполеон. Введя континентальную блокаду, Наполеон потребовал, чтобы портовые города Папской области закрылись для английской торговли. Разве Англия не была рассадником ереси? Разве мог папа сохранять нейтралитет в конфликте, который Наполеон в интересах своего дела тут же представил как борьбу римского католицизма с англиканизмом? «Вы, Ваше Святейшество, — глава Рима, я же — его император. Мои враги должны стать Вашими врагами». Однако Пий VII оставался безучастным как к религиозной аргументации, так и к силовому давлению. Со временем Наполеон осознал, что недооценил стойкость своего соперника.
21 января 1808 года генерал Миолли получил приказ оккупировать Папскую область и занять Рим. 2 февраля приказ был выполнен.
Посол Франции Алкье предупреждал императора: похоже, что решимость Пия VII непоколебима. Тем не менее Наполеон пошел на аннексию Рима, уладив предварительно конфликт с Испанией и организовав противодействие агрессии Австрии против Баварии. 16 мая 1809 года императорским декретом, подписанным в Шенбрунне, Папская область была присоединена к Франции. 10 июня Миолли водрузил французский флаг над замком Сент-Анж. Пий VII незамедлительно издал буллу, отлучающую от церкви «всех узурпаторов, зачинщиков, вдохновителей, сторонников и исполнителей этого кощунственного решения». «Мне стало известно, что папа отлучил меня от церкви. Он — неистовый безумец, которого следует арестовать», — писал император 20 июня. Что это, вспышка гнева или тщательно обдуманный шаг? Раде, командир отряда жандармерии в Вечном городе, не ведал сомнений. Он захватил Квиринальский дворец и потребовал отречения Пия VII. Непокорного папу насильственно выдворили из Рима вместе с его главным советником, кардиналом Пакка. Последний поведал нам в своих мемуарах об унизительных мытарствах сановного пленника: из Флоренции в Гренобль, оттуда, через Авиньон и Ниццу, — в Савону в соответствии с противоречивыми приказами, отражавшими колебания Наполеона, который, с одной стороны, был удивлен избытком рвения своих подчиненных, а с другой — одержим идеей поселить папу в Париже, куда он уже выслал священную коллегию. 6 июля 1809 года Пий VII прибыл в Савону, где оставался до 9 июня 1811 года. Несмотря на оказываемые ему почести, он держал себя как заключенный: отказывался от предлагаемых услуг, собственноручно стирал свой подрясник и молился дни напролет. Молился для отвода глаз, используя имеющиеся в его распоряжении средства из тех, что на основании Конкордата неосмотрительно предоставил ему Наполеон, в частности — каноническую инвеституру епископов.
Наполеоновский затворник отказал в канонической инвеституре епископам, назначенным императором на вакантные епархии. Наполеону пришлось прибегнуть к обходному маневру: пожаловать епископам через капитул должности и права ка-питульных викариев. Это оказалось непросто, особенно в Париже, после смерти кардинала Беллоя, последовавшей в июне 1808 года. В конфликте с папой Наполеону нужно было опереться на единую галликанскую церковь. Собравшийся в 1809 году комитет по церквам не оправдал возлагавшихся на него надежд, предложив созвать церковный собор, наделенный совещательными полномочиями, что не могло устроить Наполеона. Последний пребывал в затруднении в связи с предстоящим разводом. Но был ли этот вопрос в компетенции папского престола? Аббат Эмери разрешил проблему несовпадения римского и галликанского права в пользу последнего, заслужив одобрение Наполеона. Впрочем, находившиеся в Париже римские кардиналы рассудили иначе: тринадцать из них отказались участвовать в венчании Наполеона с Марией Луизой.
Разгневанный император запретил им носить атрибуты их сана и сослал в провинцию. Однако в конце концов, после бесплодной работы второго комитета по церквам и провала посреднической миссии в Савоне, ему пришлось согласиться на созыв церковного собора, открывшегося 17 июня 1811 года под председательством кардинала Фэша. Но и эта ассамблея французских и итальянских епископов не проявила ожидаемого раболепия.