Победа при Маренго, упрочив власть Бонапарта, позволила ему приподнять завесу над своими замыслами. 18 июня, отдав распоряжение о проведении торжественного богослужения в миланском соборе, не столько для того, чтобы, как писал «Бюллетень резервной армии», «произвести впечатление на народы Италии», сколько в расчете на французскую общественность. 25 июня он сообщил в Верчелли кардиналу Мартиниану о своем намерении начать переговоры с папой. Эта новость немедленно достигла Рима. Пий VII, не заблуждаясь относительно ожидавших его трудностей, в целом поддержал идею переговоров.
Монсеньор Спина, архиепископ Коринфский, был приглашен Бонапартом в Париж. Заручившись согласием Курии, 5 ноября он прибыл в столицу. Только здесь узнал он имя своего будущего визави — бывшего генерального комиссара армий в Вандее Бернье, которому Бонапарт поручил вести переговоры под наблюдением Талейрана. Последний не мог принять в них непосредственного участия, так как, проголосовав в свое время за принятие Гражданской конституции духовенства, лишился духовного сана. В том же положении оказался и лидер конституционалистов Грегуар, всегда настойчиво призывавший не доверять коварной дипломатии Ватикана. В отличие от них у Бернье было более солидное прошлое, а также достоинства прирожденного дипломата, которые очень ему пригодились: начавшиеся в ноябре переговоры затянулись на несколько месяцев. Бернье сумел проявить терпение. Ему удалось обеспечить политическое примирение в Вандее и положить конец религиозным конфликтам. Больше чем все генералы, вместе взятые, он способствовал росту престижа Бонапарта. Очень скоро переговоры уперлись в вопрос об отставке епископов. С «конституционными» епископами все было просто, куда сложнее обстояло дело со старыми кадрами священнослужителей, которым папа предложил снять с себя духовный сан. Вправе ли был Пий VII требовать этой жертвы от тех, кто, несмотря на преследования, пытался сохранить верность папскому престолу? Второе осложнение: Рим выражал пожелание, чтобы католицизм был объявлен государственной или, по крайней мере, «главенствующей религией». Между тем французская сторона не могла не считаться с общественным мнением, которое не потерпело бы столь откровенного возврата к прошлому. И последнее: вопрос о церковных владениях, распроданных во время революции под видом национального имущества. Папа соглашался не требовать их возврата, однако предстояло оговорить форму возмещения ущерба. Общей сумме компенсации Бонапарт предпочел вариант, при котором государство брало бы на себя материальную заботу о духовенстве, переведя священнослужителей на оклады. Это был ловкий маневр, обеспечивавший превращение епископов и кюре в «функционеров».