Два часа оба войска стояли в ожидании. А затем Бонапарт обратился к своим солдатам с призывом: «Англия заставляет нас совершать подвиги, и мы их совершим!» Поскольку фланги турецких линий прикрывали своим огнем канонерские лодки и 30 полевых орудий, генерал Сонжис выдвинул против них батареи тяжелой артиллерии. Между ними завязалась артиллерийская дуэль, в результате которой канонерки вынуждены были отойти. После этого французы развернулись в боевой порядок: в центре – кавалерия, на левом фланге – бригада Дэстена, на правом – дивизия Ланна, а дивизия Ланюсса – во второй линии. Первыми в бой вступили две кавалерийские колонны генерала Мюрата: одна направилась в промежуток между холмами Колодезь и Везирь, вторая – в обход холма Шейх. Одновременно в атаку на турков пошла пехота. Поначалу те вели сильный стрелковый огонь и держались очень стойко, но когда гранаты и ядра легких орудий стали поражать турецкие позиции сзади, встревожились за свои пути отступления и потеряли выдержку. Воспользовавшись этим, Ланн и Дэстен со своими войсками быстро взобрались на холмы. Турки бросились вниз, в долину, но там их ждала кавалерия Мюрата, которая прижала их к морю. Преследуемые картечью, ружейным огнем и кавалерией, они в отчаянии бросались в волны, чтобы вплавь достичь своих судов. Но удалось это очень немногим: на следующий день море выбросило тысячи тюрбанов.
На помощь флангам двинулся вперед центр первой турецкой линии, но этот маневр, оказался запоздалым, и, по определению Наполеона, «неосторожным». Его реакция на оплошность турецкого командования была молниеносной. Вот как описывает последующие события В. В. Бешанов: «Мгновенно эскадроны Мюрата охватили турок с обоих флангов, выходя им в тыл, а пехота Ланюсса атаковала с фронта батальонными колоннами. Через короткий промежуток времени центр турецкой армии был окружен, смят и разгромлен. Турки снова, не имея путей к отходу, разбежались вправо и влево по обе стороны полуострова, и вскоре тысячи тюрбанов закачались на волнах. Первая линия турецкой обороны была практически полностью уничтожена. Наполеон с гордостью вспоминал об этом успехе: “Что может сделать пехота без порядка, без дисциплины, без тактики! Сражение продолжалось всего час, а 8000 человек уже погибли; 5400 утонули, 1400 были убиты и ранены, 1200 сдались в плен; в руки победителей попали 18 пушек, 50 знамен”».
После рекогносцировки второй линии турецкой армии, найдя ее позиции неприступными, Бонапарт поначалу решил пока остановиться на достигнутом. Но после осмотра берега у него возник план новой дерзкой операции. На небольшом мысу была установлена артиллерийская батарея, которая смогла обстреливать с тыла весь правый фланг противника. Ее огонь вынудил турок отвести назад свой левый фланг. В образовавшийся между ним и морем коридор в 400 метров шириной Мюрат бросил своих 600 всадников. Тем временем Ланюсс и Дэстен открыли сильный огонь по центру и правому флангу второй линии турок. Вскоре они заняли редут, а кавалерия опять прижала остатки неприятеля к морю.
Оставалось расправиться с резервом Мустафы – паши. Для этого Ланн со своей дивизией двинулся на деревню Абукир и атаковал его лагерь. Вот как описывает В. Бешанов подробности этой атаки: «На узкой полоске суши началось столпотворение и резня. Мустафа-паша с телохранителями совершал чудеса храбрости; он был тяжело ранен Мюратом, которого, в свою очередь, ранил в голову из пистолета. Наконец паша сдался в плен с тысячей своих воинов. Остальные бросились в море. Сидней Смит, едва избежав плена, с трудом добрался до своей шлюпки. Три бунчука (знак власти) паши, 100 знамен, 32 полевых орудия, все обозы достались французам. Победа была полной и сокрушительной. После битвы восхищенный Мюрат обнял Бонапарта и признался: “Генерал, вы велики, как мир, но мир слишком мал для вас!”».
Теперь необходимо было освободить от неприятеля Абукирскую цитадель. Там заперлись около 4 тысяч турецких солдат во главе с сыном Мустафы-паши. Все попытки французов выбить их оттуда успеха не имели. Даже когда паша написал сыну письмо с приказом сдаться, тот продолжал держать оборону. Бонапарт не стал дожидаться штурма форта: поручив Ланну вести осаду, он уехал в Александрию. Вскоре осажденные были вынуждены сдаться.
Эта победа под Абукиром стала для Наполеона долгожданным реваншем за разгром французской флотилии. Его потери в Абукирском сражении были минимальными: 200 человек убитыми и 550 ранеными. А вот турки потеряли здесь почти всю свою армию. Когда французы вошли в форт, весь его внутренний двор оказался заваленным трупами и телами умирающих. Впоследствии, вспоминая об Абукирском сражении, Бонапарт писал: «Эта битва – одна из прекраснейших, какие я только видел: от всей высадившейся неприятельской армии не спасся ни один человек». Однако эта столь блистательная победа оказалась для него последней в Египетской кампании. Вести, приходящие из Европы, делали его дальнейшее пребывание в Египте не только не целесообразным, но и гибельным…