Сам Монтехо не очень преуспел в завоевании Юкатана из Кампече и Чампотона. Тем не менее, несмотря на растущую враждебность индейцев купулей, аделантадо и его сын решили основать Сьюдад-Реаль в Чичен-Ице. Они прошли вдоль северного побережья и были хорошо приняты местным населением. Однако, когда Монтехо Младший направился к Чичен-Ице, он подвергся нападению купулей. Касик Након-Купуль, вначале сердечно принявший испанского конкистадора, вскоре убедился в его захватнических намерениях и, воспользовавшись неосторожностью Монтехо, попытался его убить. Но в ходе стычки испанские солдаты убили касика.
Отец и сын Монтехо обосновались в Чичен-Ице, превращенной в Сьюдад-Реаль (1532-1533), и, считая, что местные обитатели покорно приняли испанское господство, начали раздавать поселения своим капитанам, назначая их в качестве помещиков-энкомендерос. Майя, казалось, принимали это нововведение спокойно, но на самом деле готовились к защите своей свободы, находившейся под угрозой. Одни поселения отказались платить дань, другие поднялись на открытую борьбу.
Связь испанцев с внешним миром оказалась прерванной, не хватало продуктов. Каждая попытка выбраться из осады приводила к стычке с индейцами, в одной из них погибли 150 испанцев и сотни индейцев. Тогда испанцы пошли на хитрость. Чтобы усыпить бдительность индейцев, они однажды ночью посадили голодную собаку на цепь, которую привязали к колоколу, а недалеко от нее поставили еду, но так, чтобы собака не могла ее достать. Животное в течение нескольких часов рвалось к еде, звоня при этом в колокол. А испанцы тем временем под покровом темноты выбрались из осажденной крепости.
Изрядно потрепанному отряду конкистадоров удалось наконец достичь побережья, сесть на корабли и отплыть в Кампече, чтобы оттуда вернуться в Мексику. Таким образом, вторая попытка завоевать народ майя провалилась, как и первая.
Начиная с 1535 г. на протяжении нескольких лет испанцы постепенно стали подчинять себе полуостров, используя главным образом бесспорное превосходство своего вооружения, в особенности огнестрельного. Настоящий ужас среди индейцев вызывали всадники. Внесли в конкисту свою лепту и монахи, которые начали проповедовать среди местного населения покорность захватчикам и обещать рай на небесах после рабской жизни. Но в Чампотоне, Теносике, Сихочаке, Тишпевале и Т'хо Монтехо и их военачальники все еще терпели поражения. Одни группы враждебных касиков объединились против испанцев, другие покорились. Наконец Т'хо был взят, и на его развалинах была основана Мерида (1542). Несмотря на отчаянное сопротивление, оказанное населением, готовым на все (майя опустошали собственные поля, покидали поселения, засыпали колодцы, укрывали продукты, убегали в леса), касикаты (
Когда уже была захвачена большая часть их территории, майя сделали еще несколько попыток изгнать испанцев. Это были восстания купулей и тасов в Вальядолиде, в восточной части полуострова (1546-1547). Наконец с "замирением" района залива Дульсе (1547-1549) завоевание после жестокой борьбы, длившейся более 20 лет, было практически завершено. Однако группа Ица, возглавляемая своим касиком Канеком, все еще противилась в Петене всем попыткам проникновения врага. Лишь в конце XVII в. (1697 г.) испанцы смогли взять индейскую столицу Тайясаль на берегах озера Петен-Ица. Там испанцы стали свидетелями коллективного самоубийства, когда индейцы, предпочтя смерть рабству, бросились в воды озера.
Колонизация
Колониальный режим предопределил коренные перемены в экономическом базисе, на котором основывалось общество майя. Первый же удар по производительным силам привел к катастрофическим последствиям: смерть в боях тысяч мужчин, жестокие репрессии против гражданского населения за оказание сопротивления завоевателям, физическое уничтожение жителей целых поселений, бегство индейцев в глухие места и даже иногда коллективное самоубийство. Но еще большее опустошение сеяли вокруг новые болезни, принесенные конкистадорами. Эпидемии оспы, кори и заболевания дыхательных путей вызвали среди индейского населения огромные потери, практически уничтожив обитателей многих областей.
Эрик Томпсон, изучавший демографические проблемы майя в момент конкисты и после нее, нашел поразительные данные о запустении территории вследствие войн, восстаний и эпидемий. Большая часть зоны майя, особенно северо-восток Юкатана, все восточное побережье полуострова, район Акалан - Тишчель, Табаско, Тайясаль, центральная часть Петена и бассейн Усумасинты и ее притоков, потеряли приблизительно 90% обитателей. Многочисленные поселения на побережье Тихого океана, Гондурасского залива и в долине Мотагуа исчезли целиком менее чем за одно столетие.