Организуя службу НН, Медников завел в Московском охранном отделении двор извозчиков. Комбинация конного наблюдения с пешим приносила ощутимые результаты. «Его филер, – отмечал Спиридович, – стоял извозчиком так, что самый опытный профессиональный революционер не мог признать в нем агента», филеры Медникова научились изображать мелких торговцев, лотошников, при необходимости могли прикинуться дурочками.
Филерская служба требовала нередко риска, особенно когда велось наблюдение за боевиками и террористами. Именно на этот случай Медников подбирал людей с армейской выучкой, которую он стремился приспособить к условиям своей службы.
Он чувствовал недостатки собственного воспитания и образования. Он подумывал о настоящей школе для филеров и полицейских надзирателей, о чем писал Спиридовичу. Но эта идея не осуществилась. Его служба требовала огромного напряжения физических сил. За 17 лет службы он ни разу не был в отпуске.
В 1899 году Медников решил уйти в отставку по состоянию здоровья. Человек очень сдержанный, он никому до этого не говорил о своем самочувствии. Заключение врачей было достаточно суровым. Доктор Л.С. Минор после обследования написал: «Общая неврастения, как результат переутомления, расширение сердечной сумки, опухлость легких и частичное поражение спинного мозга, могущие угрожать параличом».
Однако в это время ему уйти «на покой» не удалось. Московский обер-полицмейстер на ходатайстве наложил резолюцию: «Я слишком ценю службу… Медникова, чтобы согласиться на его увольнение. Убедительно прошу уважаемого Евстратия Павловича взять 2-х месячный отпуск, отдохнуть, укрепить свое здоровье и уверен, что после этого он согласится продолжить свою многополезную службу царю и отечеству».
Отставка Медникова в 1899 году не состоялась. Одним из наиболее близких его коллег из влиятельных полицейских чинов был С.В. Зубатов. Они встретились в 1886 году, когда он стал чиновником для поручений Московского охранного отделения. Профессионал Медников на первых порах в какой-то мере был учителем Зубатова. Затем очень быстро ученик перерос своего учителя. «Эти два человека, – пишет Спиридович, – Зубатов и Медников, составляли нечто единое, самую суть Московского отделения, его главный рычаг».
В марте 1900 года от Болгарского правительства ему был пожалован офицерский крест Болгарской гражданской службы. В январе 1901 года Медников получает очередной чин – надворного советника и в этом же году ему был пожалован орден Святого Владимира 4-й степени, что давало ему право на потомственное дворянство.
Заведующий дворцовой агентурой генерал А.И. Спиридович, вспоминая свои первые дни службы в Московской «охранке», писал: «Я застал Медникова уже старшим чиновником для поручений, с Владимиром в петлице… Он уже выправил тогда все документы на дворянство, имел грамоту и занимался составлением себе герба».
На гербе фигурировала пчела, как символ трудолюбия, были и снопы. 12 июня 1901 года Указом Его Императорского Величества правительствующему Сенату Медников был включён в книгу потомственного дворянства.
Причины его карьерного роста содержатся во многих документах и делах в фондах ДП, Московского охранного отделения, Чрезвычайной следственной комиссии (далее – ЧСК) по расследованию действий министров и прочих должностных лиц, которые позволяют обрисовать деятельность Медникова в мельчайших подробностях.
В результате деятельности филёрской службы под руководством Медникова были сорваны многие подготовительные революционерами акции. При наблюдении выслеживались члены организаций, лица, проживающие нелегально, бежавшие с места ссылки. Затем следовали аресты членов партийных организаций, кружков, нелегальных типографий.
В 1902 году С.В. Зубатов был переведен в ДП, где возглавил Особый отдел. Вместе с собой он пригласил и Медникова, который с 1905 года руководил 1-м отделением Особого отдела. Оно занималось наружным наблюдением, дешифровкой документов, переводами иностранных текстов и фотоделом. Тесные и даже тёплые отношения Медникова и Зубатова сохранились н после их отставки, о чем свидетельствует их переписка.
Слабым местом Медникова, как уже отмечалось, была недостаточная его грамотность. Но окружение во многом помогало ему в оформлении его наработок, наблюдений, методики, которые он мог преподносить филёрам в устной форме и которые впоследствии легли в основу «Положения о филёрском Летучем отряде» (см. Приложение), «Положения о розыскных пунктах» и т.д.
В начале 1906 года Медников вновь собрался на пенсию и на этот раз добился своего. В апреле того же года состоялась его отставка, после которой он занимался хозяйством в своем «имении» и лечился от своих болезней. Уже будучи в отставке, он неоднократно задумывался над тем, чтобы рассказать об опыте своей работы. В письме к Зубатову от 3 декабре 1906 года он писал: