Девяностые годы оказались, может быть, самыми трудными в жизни Аполлона Григорьевича Кузьмина. Конечно, я не могу судить об этом с абсолютной определенностью, но мне кажется, что было именно так. Он очень тяжело переживал развал Советского Союза и последующее наглое унижение и разграбление остатков некогда великой страны. Он очень остро чувствовал собственную вину в этом развале, о чем не раз говорил нам. Ведь всю жизнь и особенно последние двадцать с лишним лет Кузьмин посвятил тому, чтобы его любимая Родина стала сильнее, чтобы народу его Родины жилось легче и лучше. И вдруг в одночасье все его труды, все старания и все его мечты рухнули… Значит, это он недоработал, значит, это он виноват в том, что процесс разрушения не удалось остановить. Конечно, вина за гибель державы лежала не только и, честно скажем, не столько, а, скорее, вообще не на нем. Кузьмин это понимал. Но все равно корил именно себя…
И все же Аполлон Григорьевич не опустил рук. Он продолжал писать публицистические статьи, публиковал их в газетах и журналах. Однако тиражи изданий падали с каждым месяцем, ибо становилось все меньше и меньше
читателей. А потому все меньше и меньше оказывался слышен голос Кузьмина, как, впрочем, и голоса других ученых, писателей и публицистов. Эта невозможность повлиять на реальную политическую действительность, конечно, угнетала Аполлона Григорьевича.
Подобного рода бедствия усилило личное горе. В 1996 году в автокатастрофе погибла его дочь Татьяна, на которую он возлагал многие надежды и с которой очень сблизился в последние перед ее гибелью годы. А вскоре умер Володя Вышегородцев…
Но и после этих трагедий Кузьмин не сдался. Русский характер Кузьмина не позволил ему этого сделать, его служение Отечеству продолжилось. И он успел сделать очень многое. Продолжал воспитывать студентов и аспирантов, готовить из них профессиональных историков. Именно в эти годы больше всего его учеников защитили кандидатские диссертации, а некоторые уже и докторские. Всего же за все годы преподавательской деятельности Кузьмина кандидатские диссертации под его руководством защитили более тридцати человек, докторские - пятеро (двое еще при жизни, а трое вскоре после кончины нашего учителя). И недаром в 1990-е годы в Министерстве образования была официально зарегистрирована научная "Школа А. Г. Кузьмина", чем сам Аполлон Григорьевич очень гордился.
Именно в 90-е годы XX века и в начале XXI столетия, несмотря на проблемы со здоровьем, он написал несколько новых, в том числе итоговых, книг, закончил давно задуманные исследования. Вместе с учениками Кузьмин готовил различные издания, сборники статей, документов, хрестоматию. Все эти издания, во многом стараниями его учеников, еще при жизни Аполлона Григорьевича стали достоянием читателей. В МПГУ к 70-летию А. Г. Кузьмина выпустили замечательную книгу "Великие духовные пастыри России", а через пять лет торжественно отметили его семидесятипятилетие. С этой датой связана и еще одна история. Благодаря помощи Сергея Дмитриева, главного редактора издательства "Вече" и тоже выпускника истфака МГПИ, всего за три месяца нам удалось выпустить к 75-летнему юбилею Кузьмина его книгу "Начало Руси" - фундаментальный труд, в котором Аполлон Григорьевич полностью выразил свою концепцию происхождения Руси и русского народа. Буквально накануне юбилейной даты я торжественно вручил Кузьмину несколько экземпляров. Потом, разглядывая эту книжку, Аполлон Григорьевич, тогда уже сильно болевший, с какой-то просветленной интонацией в голосе спросил нас и себя самого: "Неужели я успел?…"
Так же как и раньше, Аполлон Григорьевич любил бывать в своей родной Рязани. Он вообще был большим патриотом Рязанщины, деятельно участвовал в работе Рязанского землячества. Болезни, докучавшие ему, в Рязани немного отступали, ему становилось лучше, тем более что там было кому о нем позаботиться - здесь жили его сестры, дочь Ирина, медик по профессии, внук…
Вот и по весне 2004 года, когда ему в очередной раз стало худо, Аполлон Григорьевич уехал в Рязань - подлечиться. Но… 9 мая 2004 года его не стало.