Косвенное и мимолётное обращение к распятию (в 30,12-18) служит поворотным пунктом в повествовании. После появления Господа вновь в рассказе начинает преобладать ряд заклинаний, переданных Иакову для того, чтобы он оказался способным принять вызов враждебных сил, которые будут пытаться препятствовать его восхождению к "Предсуществующему" после его мученичества (32,23 - 36,1). Эти заклинания воспроизводят те драматизированные тексты, которые появлялись повсеместно в рамках описания посмертных ритуалов в валентинианском гностицизме (см. Ириней, Haer. 1.21.5, Епифаний, Pan. 36.3.1-6). Вполне возможно, однако, что одна из характерных черт данного текста ("Я есмь единственный, сын Расы Отца") была тесно связана с Corpus Hermeticum (13.3). Другие интересные фрагменты, находящиеся во второй части нашего апокалипсиса, включают в себя и руководства, относящиеся к сохранению данного трактата в тайне (36,13 - 38,11), и комментарии относительно потребности в женщинах-ученицах (!) (38,15 - 41,18), упоминается также упрёк Иакова в адрес Двенадцати апостолов (42,20-24), а в конце текста также приводится относительно длинное повествование (дошедшее сильно повреждённым) о мученичестве Иакова.
Обозначение в тексте Иакова как "Иакова Справедливого" (32,2-3, сравн. 43,19) указывает на контакт с иудео-христианской традицией (Эгессипп, у Евсевия, Н.Е. 2.23.4,7; Евангелие от Евреев, у Джерома, De viris inl.2; Gos. Thom., стих 12). Включение же Аддайя (36,15-24) в список лиц, обязанных хранить данное учение в тайне, говорит о контакте с Сирией, и в силу этого, вероятно, с семитической формой христианства (ср. у Евсевия, Н.Е. 1.13). Некоторые ученые считали также, что и многочисленные прочие темы повествования апокалипсиса претерпели влияние иудео-христианской теологии. Но помимо той важной роли, которая отводилась Иакову Справедливому, в тексте слишком мало такого, что могло бы даже с некоторой смелостью быть списано, в частности, на влияние иудейского христианства. К тому же, существует и немалая возможность того, что фигура Иакова была результатом замены сектой гностиков какой-либо другой фигуры, и таким образом стала для них удобной зацепкой, о которую могло "зацепиться" их учение.
Одной из причин обращения к фигуре Иакова был тот факт, что последний находился вне круга двенадцати апостолов, и в силу его отношения к Иисусу (здесь понимаемого в чисто духовном смысле) он мог бы быть подан как основатель более чистой формы гностического учения, чем та, которую представляли Двенадцать. И именно установка на то, чтобы держать Учение в тайне, служила объяснением, почему непосвящённым гностицизм впоследствии стал казаться относительно поздним течением религии Иисуса. К тому же наш апокалипсис был попыткой представить альтернативу доктрине апостольской власти, имевшей столь большое влияние вплоть до современного католицизма. Однако трактат расставляет акценты и так, что Иерусалим и иудаизм вообще оказываются связанными с более тёмными силами Вселенной, тогда как Двенадцать апостолов (и, следовательно, правоверное христианство в целом) дрейфуют всё же в сторону более благих сфер деятельности Ахамот, т. е. меньшей части Софии.
Другая причина данного обращения, видимо, состоит в том, что фигура Иакова позволяла некоторым гностикам как бы придавать больший смысл истории I столетия вообще. Ведь падение Иерусалима было тогда главным событием, но его объяснение не приветствовалось. И хотя вскоре стало казаться естественным расценивать как катастрофу третирование Иисуса евреями (ср. Ориген, Contra Celsum, 2.13; Евсевий, Н.Е., 3.7), ещё более естественным было связывать падение Иерусалима с трагедией, ниспосланной Иакову еврейскими властями как раз накануне Большой войны с Римом (Эгессипп, в Евсевии, Н.Е., 2.23). Известному христианскому учёному Оригену довелось отразить в своих трудах такое понимание событий (ср. Contra Celsum, 1.47).
Наш апокалипсис, однако, не вдаётся в дискуссии по данному вопросу и находит возможным эксплуатацию фигуры Иакова по двум, как нам представляется, причинам. Во-первых, различия между искупителем (Господом) и искупаемым (Иаковом, прототипом ученика) весьма слабо освещается в гностицизме (ср. 27,8-10, где Иаков прямо отождествляется с "Тем, Кто Есть"). Соответственно, эти две фигуры скорее дополняют друг друга, нежели соперничают, причём дополняют теми методами, которые остаются непонятыми ортодоксальным христианством.