14 июня 1940 года отец Иван был по делам в Каунасе. Весть о вторжении не была для него неожиданной, — все давно предполагали, что это рано или поздно случится, — но ясного представления о том, что надлежит делать в такой ситуации, у него не было. Знакомый католический патер дал ему мирный костюм, самолично подрезал бороду и ниспадавшие прежде до плеч власы. Железная дорога, утверждали, была уже блокирована. Запрятав остатки волос поглубже под шляпу, отец Иван двое суток добирался домой на попутных грузовиках или пешком, далеко обходя маячившие там и сям на дорогах патрули. Не зная, объявлен или нет в Вильно комендантский час, он рассудил, что разумнее войти в город утром, и провел ночь в поле, километрах в трех от города, в копне свежего сена. Несмотря на усталость, он не мог сразу заснуть и, потеряв счет времени, лежал, глядя в бездонное, усыпанное звездами небо. На душе у него было до удивления хорошо: прячась и скрываясь весь день, он совсем не испытывал страха, действуя скорее инстинктивно, и теперь вдруг ощутил, что, вопреки всему здравому смыслу, даже рад: мечта его так или иначе
Наутро он вошел в город, пытаясь на лицах встречных прочесть отпечаток случившегося, но, кроме некоторой суеты горожан и присутствия патрулей, не нашел ничего особенного, — быть может, потому, что сам был слишком возбужден. Только у базара волновался народ; из разговоров в толпе отец Иван опять не понял, закрыли сегодняшнюю торговлю или собирались закрыть. Выйдя на улицу, где был его монастырь, отец Иван еще издали увидел возле ограды вереницу крытых военных машин и движение солдат во дворе подле церкви и жилых построек. На противоположной монастырю улице стояли люди, очевидно, отогнанные подальше от ограды. Отец Иван сам остановился, но не по дошел ближе, опасаясь привлечь к себе внимание или быть узнанным. Прохожие говорили, что в монастыре, оказывается, обыск. Тогда отец Иван повернул в боковой переулок, решив зайти сперва к знакомому русскому прихожанину. Тот подтвердил ему, что в монастыре еще ночью начался обыск, что троих уже увели, в том числе и настоятеля, и что будто бы искали и отца Ивана. Старик хозяин полагал, что возвращаться туда не следует. Отец Иван и сам думал так же. Он сбрил уже наголо усы и бороду, замечая в зеркале, как удлиняется его нос и скашивается назад подбородок; старик коротко постриг его, дал ему кепку вместо шляпы и записку к литовцу-рыбаку, жившему на побережье. Там, помогая литовцу смолить лодку и чинить сети, отец Иван провел три тихих недели, пока в ближайшей деревне не появилась постоянная застава и пограничники не стали обшаривать берег метр за метром. Вернувшись в город, отец Иван обнаружил, что тот знакомый его арестован. Другие, к кому он заходил, были напуганы и ждали ареста тоже. Монастырь еще существовал, но был взят под стражу, к нему подпускали только старушек, приносивших монахам кое-какую еду. Ходили слухи, что каждый день оттуда забирают одного-двух человек. Отцу Ивану советовали немедленно скрыться из города: о нем якобы спрашивали у вызывавшихся на допрос в НКВД. Считалось, что лучше всего попробовать просочиться в Центральную Россию, разумеется, в обход контрольно-пропускных пунктов; кому-то уже удалось так сделать. Здесь оставаться было опасно: каждый человек слишком был на виду, а положение еще долго могло быть напряженным. Поговаривали, что в некоторых местах красным оказывают вооруженное сопротивление и они, в свою очередь, усиливают репрессии.
Отцу Ивану собрали на дорогу немного советских денег, еды, снабдили его сменой белья, портфелем и плащом, с которыми он стал похож на заурядного советского хозяйственника, какие уже появились в городе. Ни документа, ни хотя бы справки, однако, достать ему не смогли. Проводником должен был служить родственник одного из прихожан — заядлый охотник.