Рассматривали все жалобы прихожан на церковносвященнослужителей, иски и жалобы на церковные учреждения и др. Консистория следила также за поведением раскольников и старообрядцев в епархии. На каждого конкретного человека или семью, замеченную в старообрядничестве, штунде, беспоповщине или принадлежности к любой другой конфессии, консисторией заводилось отдельное судебное дело. За распространение раскола зачастую ссылали в монастырь на срок от 2 до 4 лет.
В консисторию доставляли сведения об экономическом состоянии церковных приходов, духовных учебных заведений, строительства новых храмов и т. п.
Именно консистория рассматривала дела о расторжении брака. Основными причинами в то время указывались безвестное отсутствие одного из супругов, неспособность к супружеской жизни, многоженство, измена. Причем зачастую последние три причины не считались достаточно вескими для расторжения брака. На изменившего супруга накладывалась епитимья (церковное наказание в виде поклонов, поста на хлебе и воде в определенные дни, специальные молитвы, наказание розгами и т. д.), после чего он должен был вернуться в законную семью. Брак зачастую мог быть расторгнут только при совместном внебрачном прижитии ребенка и его регистрации в метрической книге. При неспособности к супружеской жизни виновного осматривал в судебном порядке земский врач в присутствии депутата духовного ведомства. Зачастую осматриваемый признавался способным к исполнению супружеского долга и иск о разводе отклонялся.
Интересным является тот факт, что на протяжении первой половины XVIII ст. самыми важными считались дела о иноверии и “ущербе Высочайшей чести”. К иноверию по законам Петра I, который ставил их в один ряд с самыми тяжелыми государственными злодеяниями и которые наказывались тортурами и каторгой, относили недоказанные чудеса, юродство и ханжество.
Дела о нанесении ущерба Высочайшей чести доставляли очень много хлопот Духовной консистории, потому что, например, консистория за непроведение молебнов в царские дни, как правило, должна была заковывать виновных в кандалы, лишать сана и предавать гражданскому суду, который отсылал таких “преступников” в Сибирь.
Даже в XIX в. священников, порочащих свой сан, чиновники консистории могли посадить на цепь. Цепи использовались разные: ручные и ножные, большие и маленькие. Они хранились в сторожевой избе при консистории и значились в числе необходимых статей канцелярских расходов. Преступление, которое в большинстве случаев влекло за собой наказание с посажением на цепь — пьянство, соединенное с буйством. Монастырская епитимья была известна под названием «ссылка в монастырь под начал». Время ссылки указывалось определенным сроком — на год или два, или неопределенным — „до указа”, “ доне-же в чуствие прийдет”. Этому же наказанию подвергались и виновные в брачных делах.
Наиболее обычной и распространенной епитимьей первой половины XIX в., назначаемой консисторией, были поклоны. Количество поклонов было разным (от 150 до 1000), но за один раз необходимо было сделать не более 100.
Осужденный к поклонам должен был положить их на алтарь того собора или города, в уезде которого он жил. Иногда священник вызывался для этого в Харьков. Крестовый иеромонах стоял тут же и после исполнения епитимьи докладывал об этом консисторию. Благочинный, в силу инструкции, имел право поставить священника на колени в алтаре, а диакона — в цервки и даже на паперти.
Для духовенства начала ХIХ в., которое выросло и воспиталось под руководством дисциплинарных мер второй половины XVIII в., несравнимо более суровых и жестких, вышеуказанные меры не были чем-то особенно унизительным и необычным. В то время в сфере церковного суда практически везде был распространен деспотизм власти.
Так, провинившегося священника, который еще не был осужден приговором консистории, бросали в подвальную тюрьму или заковывали в цепи и ножные колодки. Телесные наказания даже в 1800 г. были в применении.
“Особа, которая подвергалась наказанию, укладывалась так, — пишет один из современников, — чтоб владыка, не вставая с дивана, мог своими глазами видеть, плотно ли плети прилегают к телу“. Больше всего секли причетников, диаконов, но не давали спуска и священникам, особенно молодым. И так наказывали священников не только за уголовные дела, но и в целях воспитания и исправления. Такие унизительные наказания имели под собой основания. Так, в делах Харьковской консистории встречаем следующие заголовки дел: “О насильственном прелюбодеянии священником Чудковцевым с девятилетней девочкой", “О пьянстве священника Дернова и нанесении побоев своей матери”, „О буйных поступках священника Быховцева и проломлении головы его жене” и т. д.
Император Александр I, вступивши на престол, осудил такие порядки. В первый год своего царствования он освободил от телесного наказания по суду тех священнослужителей, которые проходили по уголовным делам.