В серии ДБ-3 постоянно совершенствовался, и главным направлением была силовая установка. В начале 1938 года появились моторы М-86 со взлетным форсажем, в середине года стали поставляться М-87А, их мощность была увеличена не только на взлете, но и на высоте. Однако из строевых частей стали поступать рекламации на новые двигатели, и с III квартала 1938 года в производство пошел М-87Б с улучшенным качеством изготовления. Наконец, в середине 1939 года регулируемые на земле винты В-85, с которыми летчик должен был выбирать, что ему в данном полете важнее — взлет с коротким разбегом, или получение максимальной скорости над целью, сменили ВИШ-2 с шагом, изменяемым в полете.
Экипажи ДБ-3 жаловались на плохой обзор из кабины пилота, тесноту пулеметных точек и большие усилия при повороте пулеметов. В 1938 году на серийном ДБ-3 успешно прошла испытания более широкая кабина, а с февраля 1939 года серийные бомбардировщики частично комплектовались верхней и нижней выдвижной пулеметной установкой (МВ-3 и МВ-2 соответственно) с увеличенным сектором обстрела (они проектировались в специализированном КБ авиавооружения под руководством Можаровского и Веневидова). Обе «точки» первоначально шли с пулеметами ШКАС нормального калибра (такой же пулемет был и в носовой башне у штурмана), а с 1940 года в МВ-3 на части машин ставили крупнокалиберный БТ-12,7.
В 1937 году для Авиации ВМФ был создан самолет ДБ-3Т. Он сохранил стандартное бомбардировочное вооружение, включавшее до 3 т бомб калибра от 32 до 1000 кг (самолеты первых серий имели и крыльевые бомбодержатели, с ними можно было брать до 3400 кг бомб), но вместо них мог брать 456-мм торпеду высотного или низковысотного сброса, морские мины весом 500 или 1000 кг. Был сделан целый ряд опытно-экспериментальных вариантов самолета: носитель самонаводящихся планирующих торпед, «обычные» торпедоносцы — поплавковый ДБ-ЗТП и самолет с обогреваемым торпедным отсеком, «химический» ДБ-3 с установкой «Термитный град» и другие. Возвращались и к теме многоместного истребителя сопровождения — было построено два опытных «воздушных крейсера» ЦКБ-54. Значительные усилия были направлены и на повышение летно-тактических данных, надежности и эксплуатационных качеств самолета.
Боевое крещение ДБ-3 получил под чужим флагом. В начале 1939 года 24 самолета вместе с экипажами были направлены в Китай, где с успехом применялись в боях с японскими оккупантами. Но гораздо более трудным испытанием стал конфликт с Финляндией. Он начался 30 ноября 1939 года, после того, как переговоры о том, чтобы отодвинуть границу от Ленинграда (финнам предоставлялась бы вдвое большая территория на севере) и дать СССР право аренды ряда военных объектов зашли в тупик. С первого дня в боевых действиях участвовали три полка дальних бомбардировщиков ВВС (6-й, 21-й и 53-й ДБАП) и 1-й минно-торпедный полк Авиации ВМФ. На фоне фронтовой авиации уровень подготовки этих частей выглядел неплохо, все экипажи были обучены боевому применению в строю эскадрильи, многие могли летать с полной нагрузкой — 10 ФА Б-100 в отсеке, 2 ФА Б-1000 под центропланом и 4 ФА Б-100 под консолями, бомбили с больших и малых высот, но лишь немногие летали ночью, и почти никто не мог работать в сложных метеоусловиях, а погода в ту зиму выдалась просто экстремальной. Постоянные туманы при температурах ниже -40 °C, если солнце — то ветер свыше 15 м/с, снега было необычно много даже для тех северных краев…
В первой фазе боевых действий «дальникам» была поставлена задача нанести удары по железнодорожным станциям и военным объектам в городах Хельсинки и Вайпури, а также провести разведку на всем ТВД.
ДБ-ЗТ из 1-го МТАП ВВС КБФ получили приказ бомбить порт Котка, а также найти и уничтожить самые мощные корабли финских ВМС — броненосцы береговой обороны «Вяйнемяйнен» и «Ильмаринен». В первом разведзвене один ДБ-ЗТ потерпел катастрофу на взлете с плохо очищенной от снега ВПП. Из-за грубых тактических ошибок ведущего второго звена разведчиков подполковника Вельского из трех самолетов в этом вылете погибли два. Третье звено потерь не имело, но противника тоже не нашло. Экипажи, посланные на бомбежку Котки, не смогли показать на карте, какой же район города они бомбили.