Отец Хуан Евангелист сообщал ему письменно о злоупотреблениях властью, которые позволял себе о. Диего Евангелиста в кармелитских монастырях в Андалусии, чтобы добиться от сестер порочащих святого высказываний. (В то время сестра Августина св. Иосифа в Гранаде вынуждена была сжечь большое собрание писем святого, тетради и записи его духовных докладов и бесед – сестры ценили их, «как письма св. Павла», – чтобы те не попали в руки Диего.) Николас Дориа на все жалобы, которые поступали к нему, заявлял, что визитатор не был уполномочен так поступать, но при этом не подверг Диего никакому наказанию – они были и оставались близкими друзьями. Однажды Хуан сделал Диего строгий выговор, поскольку тот, проповедуя, на протяжении месяцев жил вне монастыря. Теперь тот хотел использовать подходящее время, чтобы отомстить. Через несколько месяцев – уже после смерти святого – он заявил: «Если бы он не умер, у него бы отняли хабит и выгнали из ордена». Некоторые верные сыновья отца реформы и раньше боялись этого, Хуан св. Анны написал ему, что об этом ходят разговоры, и в ответ получил следующее: «…Сын мой, не беспокойтесь об этом. Хабит можно отнять только у того, кто отказывается от исправления и послушания. Я же со своей стороны совершенно готов исправить все свои заблуждения и принять любое покаяние, которое мне будет назначено». Хуану Евангелисту святой писал: «Моя душа далека от того, чтобы страдать от всего этого. Напротив, в этом она видит наставление в любви к Богу и ближним…».
Так Хуан продолжал сохранять сердечный покой «в своем святом одиночестве». И когда лихорадка заставила его покинуть уединение, это все же было сделано «с намерением вернуться назад». Как не выбирал он себе места проживания перед переездом в Ла Пенуэлу, но принял его в святом послушании, так и теперь он готов был принять то место, которое будет ему указано и где он сможет искать спасения. Ему предоставили выбор между Баэсой и Убедой. В Баэсе был колледж, который Хуан основал и первым ректором которого стал. Там служил настоятелем один из его верных сыновей – о. Ангел Явления Богоматери, который ожидал его со всей любовью. Во главе же нового монастыря в Убеде стоял о. Франсиско Хрисостомо, который, подобно Диего Евангелисту, стал его врагом. Хуан, конечно, выбрал Убеду: поскольку монастырь, основанный не так давно, был беден и поскольку сам святой был не известен в том городе, он надеялся «с большей пользой и заслугой переносить там тяготы болезни».