В январе 1938 года начался вывод части советских войск из Синьцзяна. Тогда же в городах Урумчи, Кульд-же, Чугучаке, Шара-Сумэ, Хами, Кашгаре, Хотане и Аксу были образованы легальные резидентуры И НО Главного управления госбезопасности НКВД, сотрудники которых вели «тайную войну» против японской и английской разведок. контролировали строительство шоссе от Алма-Аты до территорий войск Чан Кайши. По этой стратегической дороге шло снабжение китайских войск, сражавшихся с японцами. В сентябре 1938 года прибывший в Москву для переговоров о дальнейшей военной помощи Шен Ши Цай во время переговоров с наркомом обороны маршалом Ворошиловым заявил о своем желании вступить в ВКП(б). По решению Политбюро он был принят в партию, с обязательством сохранения этого события в тайне. В день отъезда синцзянской делегации заместитель начальника Разведывательного Управления Красной Армии (фактический руководитель военнной разведки) старший майор госбезопасности Семен Гендин вручил партийный билет Шен Ши Цаю. Это не помешало китайскому дубаню во время Великой Отечественной войны проводить двойственную политику, заигрывая, по мнению советской военной разведки, с Японией. В 1943 году советские спе-_ //_
циалисты и дипломаты в Синьцзяне подвергались нападениям.
Началось ухудшение отношений Шен Ши Цая с Советским Союзом и улучшение отношений с режимом Чан Кайши. Армия дубаня, насчитывавшая около 20 тысяч солдат, в 1942-1944 годах еще более увеличилась за счет перевода частей четырех новых дивизий Новой 2-й армии из Ганьсу в Синьцзян. В конце 1944 года в Синьцзян были направлены две дивизии дунганской конницы из провинции Цинхай. К 1945 году личный состав войск Гоминьдана в Синьцзяне насчитывал почти 100 тысяч войск, главным образом ханьцев и дунган.
Режим Шен Ши Цая в Урумчи отличался жестокостью. Поданным уйгурских историков, с 1934 по 1944 годы под предлогом пресечения «попыток восстаний» было арестовано более 120 тысяч человек, из которых 80 тысяч казнено. Дунганское сопротивление было окончательно разгромлено, тяжелые удары получил тюркский мусульманский национализм на юге Синьцзяна. Просоветская позиция диктатора позволила нейтрализовать деятельность коммунистического подполья. По словам видного уйгурского коммуниста, министра просвещения Восточно-Туркестанской республики, члена политбюро ЦК КПК Сай-фуддина Азизи, «… в тот период мы – вернувшаяся после обучения в СССР молодежь – доверяли советскому правительству и преклонялись перед сталинской идеологией.
В Синьцзяне было много образованной молодежи, которая мыслила одинаково с нами. Оставаясь на этих позициях, мы считали, что все поддержанное советским правительством и особенно Сталиным – правильно, поэтому Шен Ши Цай не может ошибаться, а его дела – правильны».
Пользуясь невозможностью режима Чан Кайши оказать Шен Ши Цаю серьезную военную помощь, оппозиционные силы, при поддержке СССР, начали восстание, в ходе восстания китайские войска были полностью изгнаны с трех округов Синьцзяна – Илийского, Алтайского и Тарбагатайского. Шен Ши Цай был свернут (в
1948году он погиб при невыясненных обстоятельствах).
12 ноября 1944 года в городе Кульдже была образована «Восточно-Туркестанская республика» (ВТР). Руководство правительства ВТР во главе с муллой Алихан-Тюре (Алихан Тура Сагони), узбеком по национальности, организовавшим в 1943 году в Кульдже «Организацию свободы Восточного Туркестана», было настроено антикитайски и промусульмански. 5 января 1945 года на четвертом заседании Временного правительства ВТР был принят «Манифест 9 пунктов», согласно которому: на территории Восточного Туркестана ликвидировалось господство китайцев; на территории Восточного Туркестана создавалась суверенная республика с равенством всех национальностей; провозглашалась необходимость развития промышленности, сельского хозяйства, животноводства, частной торговли, повышение материального благосостояния народа; поддержка ислама, как религии большей части населения Восточного Туркестана; свобода и защита других религий; развитие культуры, образования и здравоохранения; установление дружественных отношений со всеми демократическими государствами, в особенности с правительством граничащего с Восточным Туркестаном СССР; установление связи с правительством Китая в экономической и политической областях; организация армии из всех национальностей Восточного Туркестана; национализация банков, почт, телеграфа, леса и природных недр; ликвидирование вредных проявлений индивидуализма, бюрократизма, национализма, алчности и коррупции.