4-е управление, которым руководили Судоплатов и Эйтингон, было упразднено приказом МГБ 9 октября 1946 года. Однако еще до его расформирования в системе МГБ 4 мая 1946 года был создан Отдел «ДР» (служба проведения диверсий и актов индивидуального террора), начальником которого был назначен генерал-лейтенант Судоплатов, а его заместителем, в феврале 1947 года, генерал-майор Эйтингон. Главной задачей Отдела «ДР» была организация специальной агентурно-разведывательной работы за рубежом и внутри страны.
Одновременно с этим Эйтингон продолжал заниматься разведывательной работой. В 1946–1947 годах он руководил подготовкой к выводу за рубеж Вильяма Фишера (Рудольфа Абеля).
В это время ему пришлось выполнять специальные задания на Востоке.
Синьцзян
В конце 1946 года Эйтингон был вновь направлен в Китай, на этот раз на северо-запад — в провинцию Синьцзян (также именовавшуюся Восточным Туркестаном и Джунгарией), для изучения военно-политической ситуации в этом стратегически важном районе с большим количеством сырья и минералов (нефти, золота, платины, железной руды, меди).
С глубокой древности эти территории были предметом спора тюркоязычных и монголоязычных народов. С XVIII века этими землями владела китайская империя. Тогда и появилось название Синьцзян — «новая граница, новая земля». Еще в 1870-х годах XIX века, после мятежа мусульманского населения под руководством Якуб-бека против императорской власти в Китае и образования ими своего государства, по просьбе китайцев в Синьцзян была предпринята интервенция русской армии, в ходе которой было подавлено выступление, после чего Россия передала Синьцзян Китаю согласно Петербургскому договору 1881 года. Тогда же в ряде городов Синьцзяна были учреждены российские консульства. После окончания гражданской войны в Синьцзяне находилось несколько тысяч солдат и офицеров армии белого генерала Александра Дутова, участников Западно-Сибирского крестьянского восстания 1921 года и басмачей из Средней Азии.
К этому времени численность населения Синьцзяна насчитывала около 4 млн человек, из них 3,5 млн уйгуров, более 400 тыс. казахов, 220 тыс. ханьцев (китайцев), 100 тыс. дунган, а также (по убывающей) киргизов (65 тыс.), монголов (50 тыс.), русских (19 тыс.), узбеков (10 тыс.), сибо (10 тыс.), татар (5 тыс.), солонов (2 тыс.) и маньчжур (около 800 чел.). Наиболее политически активные уйгуры и дунгане были мусульманами, что было фактором дополнительной напряженности в отношениях с китайцами.
Центральное правительство охваченного гражданской войной Китая слабо контролировало Синьцзян. Японское правительство, пользуясь этим, стремилось отторгнуть Синьцзян от Китая. В апреле 1933 года ставленник гоминдановского правительства в Нанкине наместник (дубань) У Чжунсинь был свергнут, и власть в столице Синьцзяна Урумчи захватил начальник штаба Синьцзянского военного округа Шен Ши Цай, опиравшийся на русский полк из бывших белогвардейцев под командованием полковника Паппенгута. Новый режим заявил следующую программу: юридическое равноправие национальностей; выборность при назначении всех чиновников; свобода слова, собраний и печати; развитие транспорта, производства, оказание помощи крестьянам и т. д. Летом 1933 года дубань выдвинул «Восемь пунктов»: национальное равенство; свобода вероисповедания; немедленное сокращение земельного налога; финансовая реформа; административная реформа; распространение образования; реализация самоуправления и реформа правосудия. Далее последовали «Шесть основных направлений политики»: антиимпериализм; дружба с СССР; национальное равенство; неподкупность правительства; мир и реконструкция.
В конце 1933 года в результате конфликта с центральным правительством большую часть Синьцзяна заняла 36-я дивизия, в основном состоявшая из дунган. В январе 1934 года, после обращения Шен Ши Цая с просьбой о помощи к СССР, советское руководство, справедливо опасаясь появления у границ СССР нового японского сателлита типа Маньчжоу-го, приняло решение об оказании военной помощи. В Синьцзян была введена группа войск Красной Армии с танками, авиацией и артиллерией, причем советские войска были одеты в форму царской (и белой) армии, с погонами. В боях 36-я дивизия была разгромлена.