Вот около ста сотрудников этой замечательной организации — членов Западного областного комитета (среди них были губернский и уездный военкомы, военный комендант города), закордонных курьеров и т. п. и арестовали гомельские чекисты. В Гомеле в связи с операцией, получившей, кстати сказать, высокую оценку Дзержинского, побывали сотрудники Особого отдела ВЧК Сергей Пузицкий и Игнатий Сосновский. В расследовании этого дела, именовавшегося «Крот», Эйтингон принимал участие. Имел он прямое отношение и к аресту в мае того же 1921 года в Минске уполномоченного «Союза» Эдуарда Опперпута-Стауница, бывшего помощника начальника штаба войск внутренней службы Западного фронта. Но не только такой оперативной работой занимался Эйтингон. В течение всего 1921 года он выезжал с чекистским отрядом на места непосредственной ликвидации вооруженных банд. Дело это было опасное. В октябре 1921 года в местечке Давыдовка Эйтингон получил тяжелое ранение в левую голень, после чего два месяца лечился в госпитале. По семейным преданиям, врачи настаивали на ампутации ноги. Эйтингон, уже лежавший на операционном столе, вынул маузер. Этот довод убедил медиков.
В декабре 1921 года председателя Гомельской ГубЧК Николая Волленберга перевели в Стерлитамак на аналогичную должность в ЧК Башкирской автономной республики. Вместе с собой он, как это бывает во все времена, пожелал взять своих подчиненных, в том числе своих заместителей — начальника секретно-оперативной части Владимира Алексеева и Наума Эйтингона. Закончился первый период службы Эйтингона. Молодой чекист познакомился в Гомеле с председателем ВЧК — Феликсом Эдмундовичем Дзержинским (утверждения некоторых авторов, относящих их первую встречу ко времени побега Дзержинского из ссылки, неверны: последний, третий побег Феликса Эдмундовича из Сибири состоялся в 1909 году, когда Эйтингону было 10 лет, да и маршрут беглого ссыльного не проходил через Шклов).
Новое назначение Эйтингона несколько застопорилось. В Москве, куда он прибыл для утверждения, вопрос решился положительно. Однако сразу выехать ему не удалось — открылась рана и он еще два месяца пролежал в Москве в госпитале. Боли в ноге и легкая хромота остались до конца жизни.
Башкирия
После выздоровления в марте 1922 года Эйтингон выехал в Стерлитамак, где и приступил к выполнению обязанностей члена коллегии Башкирского отдела ГПУ. Вскоре башкирские чекисты вместе с правительством республики переехали в Уфу — новую столицу автономии.
Вновь рассказы современников: увидев по приезде в Уфу вооруженную охрану вокруг здания ГПУ, Эйтингон сказал:
«Да уберите вы пулеметы к … матери. Вы же на авторитет бандитов работаете. Их просто в город не надо пускать, а уничтожать, где мы наметим».
Но бандитизм, политический и уголовный, не был единственной головной болью для башкирских чекистов. Ситуация в этой республике была одной из сложнейших в молодых советских автономиях, уступая, как всегда, лишь Северному Кавказу.