После вмешательства Центра (на случай вооруженного сопротивления со стороны ревкома Ленин отправил командующему Туркестанским фронтом Михаилу Фрунзе телеграмму с предписанием соответствующих мер) арестованных освободили, Юмагулова во главе ревкома сменил Валидов (во время январских событий, будучи в Москве, он убеждал Сталина в необходимости изменения политики Кремля в Башкирии), из Уфы прислали авторитетного уральского большевика Евгения Преображенского, а уже работавшему в Уфе кандидату в члены ЦК партии Федору Артему (Сергееву) Политбюро поручило надзирать за ревкомом и (по соглашению с Дзержинским) выполнять обязанности уполномоченного ВЧК по «борьбе с башкирской контрреволюцией», с подчинением ему всех ЧК и особых отделов на территории «Малой» Башкирии и соседних губерний.
Одновременно в середине февраля 1920 г. началось обычное для той эпохи «военного коммунизма» крестьянское восстание в Белебеевском, Бирском и Мензелинском уездах, известное под названием «Черный орел» (под лозунгом «Долой коммунистов, да здравствуют большевики и свободная торговля!»). В результате для разрешения ситуации в марте 1920 года потребовался приезд (из Екатеринбурга) председателя РВС Льва Троцкого, который пришел к соглашению с башкирами, по его же предложению были отозваны в Москву Артем и Преображенский. Тогда же Валидов и его сторонники, вдохновленные успехом, потребовали сформировать Башкирский обком исключительно из коммунистов татарской и башкирской национальностей, и выслать из республики неугодных им партийцев.
5 апреля 1920 года на пленуме ЦК РКП(б) с заявлением о чрезвычайном положении в Башкирии выступил Дзержинский с требованием судить Юмагулова и других инициаторов январского ареста членов Башобкома, отозвать Валидова для дачи показаний в связи с его ультиматумом. Пленум после обсуждения поручил комиссии в составе Сталина, Троцкого и Каменева, Дзержинского и Преображенского заняться «башкирским вопросом». Пленум ЦК постановил, что председатель Башкирской ЧК должен назначаться по соглашению с Башревкомом и ВЧК.
Комиссия ЦК по башкирскому вопросу разработала новое положение о государственном устройстве Башкирии. Декретом ВЦИК и СНК РСФСР 19 мая 1920 года башкирское правительство утратило контроль над деятельностью на ее территории наркоматов продовольствия, финансов, Совета Народного Хозяйства, рабоче-крестьянской инспекции. ЧК Башкирии после года независимого существования вошла в организационную структуру ВЧК (наверное, это был единственный случай подобного рода). После этого Валидов (который был отозван в Москву) и его сторонники в знак протеста ушли в отставку и призвали население к восстанию. Начались вооруженные столкновения башкирских частей (у них был Реввоенсовет, председателем которого стал Мурзабулатов, бывший председатель Башкирской ЧК, из-за злосчастного назначения которого в январе и начались волнения) с соединениями Красной Армии. Выступления валидовцев были подавлены. Сам Валидов скрылся в Туркестан, где присоединился к басмачам. В 1922 году он переехал в Афганистан, а оттуда в Турцию, где и жил до самой смерти в 1969 году, занимаясь востоковедением (был профессором Стамбульского университета).
Изложенная вкратце история вопроса должна показать, с какими проблемами сталкивались в начале 1920-х годов в Башкирии работавшие там чекисты. Плюс к этому постоянная кадровая нестабильность. Председателей Башкирской ЧК за два с половиной года (до декабря 1921 года, когда был назначен Волленберг) сменилось семь человек. Первый председатель Ахмедулла Биишев, интеллигентный и знающий, очень быстро был смещен, а его преемники либо склонялись к национализму (местные уроженцы Тухватуллин и Мурзабулатов, соответствующим образом подбиравшие и ориентировавшие аппарат), или, как посланцы Москвы Семен Лобов, Иван Каширин. Петр Гузаков, в упор не хотели замечать башкирской специфики и считаться с местными кадрами.
Товарищ Эйтингона по работе в Гомеле Владимир Павлович Алексеев позднее вспоминал: