В 1885 году Тхакура основал первое официально зарегистрированное «Общество сознания Кришны», получившее название «Шри Вишва Вайшнава Сабха». В это сообщество вошли многие видные жители Калькутты, причем было организовано несколько комитетов, и каждому из членов общества была поручена его собственная, особая роль в преданном служении. На следующий год Шрила Бхактивинода опубликовал бенгальские перевод и комментарий «Бхагавад-гиты», а также «Шри Чайтанья-шикшамриту» («Нектарные наставления Господа Чайтаньи»). Известно, что в одну из последующих ночей Бхактивинода пережил чудесное откровение – явившийся во сне Господь повелел ему совершать служение в Шри Навадвипа-дхаме. С этой целью Бхактивинода обратился с прошением о переводе его в любое селение, расположенное неподалеку от Навадвипы, однако на его просьбу пришел отказ; и несмотря на многочисленные последующие обращения Бхактивиноды, ни одно из них не было удовлетворено. Наконец в 1887 году, после поданного им прошения об отставке, он с радостью получил желанный перевод в Кришна-нагару, населенный пункт, расположенный поблизости от святой
1890 год был отмечен одним из важнейших событий в истории человечества: Бхактивинода Тхакура открыл действительное местонахождение Йога-питхи, священного места рождения Шри Чайтаньи Махапрабху. Первоначально этим местом считался район вблизи торговой площади в городе Навадвипа, но после изучения письменных работ Шрилы Нарахари Чакраварти Тхакуры и Шри Парамананды дасы, а также тщательного исследования нескольких географических карт восемнадцатого столетия, Шрила Бхактивинода подверг сомнению справедливость распространенного убеждения. Впоследствии, в одну из ночей, пребывая на крыше своего дома в глубоком размышлении о действительном месте явления Шри Чайтаньи, он пережил чудесное видение сияющего здания, возвышавшегося в северо-восточном направлении от него. Пойдя на следующее утро в направлении открывшегося ему места, он обратился с расспросами к жившим в том районе многочисленным благочестивым
«Махатмья» подробно описывает паломничество, совершаемое Нитьянандой Прабху, Шри Дживой Госвами, Шри Шривасой Тхакурой и Шри Вамшиваданой Тхакурой вокруг всего лотоса Гаура-мандалы, и в продолжение этого странствия Нитьянанда Прабху лично поясняет значение каждой
В 1894 году Тхакура Бхактивинода оставил должность мирового судьи и учредил вторую ветвь своего Вайшнавского общества, названную им «Шри Навадвипа-дхама Прачарини Сабха»; место президента этого общества было предоставлено правящему князю Трипуры. Целью общества являлся сбор средств для возведения храма в Йога-питхе и, кроме того, организация надлежащего ухода за храмом и поклонения храмовым божествам. Тхакура был столь предан своему замыслу, что сам ходил от двери к двери, лично собирая пожертвования на благое дело. Газета «Амрита Базар Патрика» поместила тогда статью, всецело поддерживавшую его начинание и склонявшую всех своих читателей помочь Бхактивиноде, когда он придет к ним в дом.