Здесь же, при Сергиевском подворье, вскоре была создана единственная русская богословская школа за границей - Богословский институт 12. Большую роль в создании этого учебного заведения сыграли русские богословы А. В. Карташев, В. В. Зеньковский, С. С. Безобразов. В качестве преподавателей были приглашены жившие в то время в Праге известные русские религиозные мыслители отец Сергий Булгаков и Г. В. Флоровский.
Со временем Богословский институт в Париже собрал цвет русских религиозных мыслителей, историков русской церкви и русской христианской философии. На Сергиевском подворье в разное время работали авторы известнейших богословских трудов: А. В. Карташев ("Очерк по истории русской церкви", "Воссоздание Святой Руси", "Вселенские соборы"), отец Сергий Булгаков ("Православие", "Карл Маркс как религиозный тип", "Икона и иконопочитание"), В. В. Зеньковский ("Русские мыслители и Европа", "История русской философии", "Основы христианской философии"), Г. В. Флоровский ("Пути русского богословия"), С. Л. Франк ("Духовные основы общества", "Непостижимое", "Свет во тьме", "С нами Бог"), архиепископ Киприан ("Евхаристия", "Патрология IV века"), С. С. Безобразов ("Христос и первое христианское поколение", "Царство Кесаря перед судом Нового завета"), В. Н. Ильин ("Мистицизм и мистерия", "Шесть дней творения"), Г. П. Федотов ("Святые Древней Руси", "Св. Филипп, митрополит Московский"), Н. С. Арсеньев ("Безбрежное сияние").
В первый же год в институт были приняты десять студентов. Все в этом необычном учебном заведении было скромно, почти бедно: аудитории, трапезная, дортуар. Главное внимание уделялось не внешнему, а учебе, воспитанию внутреннего мира. Распорядок был строгим, с обязательным ежедневным посещением церковных служб. Да и сами богослужения в Сергиевском подворье отличались строгостью церковного стиля, скрупулезностью соблюдения чина русской православной службы. Даже во время трапезы воспитанникам читались жития святых. Жизнь Богословского института напоминала монашескую. Инспектором института на первых порах стал епископ Вениамин, приглашенный митрополитом Евлогием из Сербии.
Отец Сергий Булгаков занял в институте кафедру догматического богословия. В начале своей научной карьеры С. Булгаков интересовался марксизмом и преподавал политическую экономию в Киевском политехническом институте. Сан священника принял не без влияния своего близкого друга отца Павла Флоренского. Известен замечательный двойной портрет этих двух религиозных философов кисти великого русского художника М. Нестерова. Характерно, что двойной портрет ("Философы") написан в 1917 году, в роковую годину русской истории.
Курс патрологии читал Г. В. Флоровский. Первые годы эмиграции он провел в Праге и в Париж приехал по рекомендации С. Булгакова. Священничество принял лишь в 1931 году.
Философию в Богословском институте читал профессор В. В. Зеньковский. В эмиграции его широко знали как председателя Русского христианского студенческого движения. Историю западных исповеданий вел Г. П. Федотов, Б. П. Вышеславцев - нравственное богословие, В. Н. Ильин - литургику и философию, П. Е. Ковалевский - древние языки.
Состав студентов был весьма пестрым и резко отличался от подобных учебных заведений в дореволюционной России, куда слушателей принимали уже после окончания духовных семинарий. Учитывая сложность условий, от поступавших не требовали даже дипломов об окончании средней школы. Главными критериями отбора были глубина веры, желание служить духовному спасению русской эмиграции. Большинство принятых прошли трудный путь, испытали и лишения, и удары судьбы. Вероятно, в силу этого аскетический, монашеский чин жизни в Богословском институте воспринимался ими безропотно.
За 11 лет существования институт окончили 133 человека. Пятьдесят два из них были рукоположены в сан священника. Многие из выпускников вели подвижнический образ жизни в маленьких, отдаленных от столицы приходах. Священничество в эмиграции не давало достаточных средств для существования, и многие из приходских священников работали на фабриках и заводах и только по субботам и воскресеньям исполняли свои пастырские обязанности.
Материальное положение института, и без того не блестящее, еще более осложнилось с 1931 года. Жалованье профессорам пришлось сократить. Фактически в последние годы существования института они работали безвозмездно. Студенты института вынуждены были давать платные концерты духовной музыки, которые, к счастью, пользовались успехом не только во Франции, но и в соседних странах.