Органы безопасности рейха вели борьбу не только с реальными противниками, но и развили весьма активную деятельность против врагов, порожденных собственными иллюзиями нацистов. Одним из наиболее важных объектов разработки гестапо и СД являлась католическая церковь внутри Германии и за ее пределами. Гитлер воспринимал Святейший престол как одну из крупнейших в мире подрывных организаций, в один ряд с которой он ставил коммунистов, масонов и иудеев. Папа Пий XI представлялся ему руководителем шпионских сетей и заговоров в различных странах, направленных на достижение Ватиканом мирового господства. С полном соответствии с этой теорией НСДАП и органы безопасности рейха считали католическое духовенство и монахов своими естественными врагами и немедленно после прихода к власти начали их преследование по всей стране. Первоначально задача борьбы с католицизмом была возложена на мюнхенское управление СД, в котором эту линию возглавлял бывший священник и теолог Вильгельм Патин. Однако вскоре выяснилось, что для активной разработки противника региональный масштаб совершенно недостаточен, и задачу борьбы с католической церковью взял на себя центральный аппарат СД в Берлине. Там им последовательно руководили бывшие священники Мартин Вольф и Альберт Хартль. Последний ранее был студенческим префектом в католической семинарии в Фрайзинге, но внезапно публично обвинил в антигосударственных высказываниях своего лучшего друга и начальника священника Йозефа Россбергера, дал свидетельские показания на суде, позволившие отправить его на год в тюрьму, и вступил в НСДАП. Гестапо также разрабатывало католическую линию, однако уровень его информаторов был ниже, чем у агентуры СД, объектами которой являлись епископы и высшая администрация. К 1939 году всю германскую католическую церковь полностью пронизывали агенты обеих этих организаций. В каждой епархии органы безопасности имели не менее 20–30 информаторов и осуществляли регулярный контроль почтовых отправлений. Однако отсутствие агентурного прикрытия Ватикана не позволяло СД находиться полностью в курсе намерений католической церкви и перехватить каналы связи Святейшего престола с епархиями внутри Германии. Одним из наиболее досадных промахов стало неожиданное для руководства рейха появление в 1937 году энциклики папы на немецком языке “Mit brennender Sorge” (“Со жгучей заботой”), в которой он анализировал положение католический церкви в Германии и выражал резкий протест против нарушения условий конкордата 1933 года. Гейдрих не смог предупредить Гитлера о ее появлении и оправдывался перед ним отсутствием необходимых сил и средств для агентурного проникновения в Ватикан.
Кончина папы Пия XI в феврале 1939 года весьма обрадовала руководство НСДАП, рассчитывавшее оказать влияние на выбор приемлемого для Берлина его преемника. СД смогла продвинуть в Ватикан своего агента, уроженца Вены украинского происхождения Тараса Бородайкевича и другого агента, личность которого до настоящего времени не установлена. Первоначально они получили разрешение израсходовать до 3 миллионов золотых марок для обеспечения избрания либо кардинала Морилио Фоссати из Турина, либо Эллио далла Коста из Флоренции. Однако лучше знавший обстановку внутри католической церкви руководитель католической линии в СД Хартль не рекомендовал Гитлеру прибегать к коррупции и убедил его, что подкуп требуемого для избрания папы большинства в коллегии кардиналов (42 человека из 62) является нереальной задачей. В результате Берлин не смог вмешаться в этот процесс, и 2 марта 1939 года новым первосвященником католической церкви был избран неприемлемый для Германии кардинал Эуженио Пачелли, избравший себе имя Пия XII.