Изначально планировалось включить в состав СОЕ МИ(Р), секцию “Д” и бюро ЭХ, однако уже на первом этапе организации новой службы события развернулись иначе. “Электра Хауз” и “Д” действительно вошли в СОЕ целиком, зато военные пожелали сохранить в своем распоряжении некоторых специалистов по диверсионной войне, и МИ(Р) оказалась разорванной надвое. В результате в Исполнительном органе специальных операций вначале сформировали три основные параллельные подразделения, получившие обозначение СО (“специальные операции”). ЭХ и “Д” составили СО-1 (подрывная пропаганда) и СО-2 (активные операции), а СО-3 во главе с ван Катсеном занималось планированием. Последнее просуществовало до сентября 1940 года и ввиду своей крайней слабости было включено в состав СО-2 в качестве отдела разведки и планирования. Ни для одного из руководителей прежних британских органов диверсионной войны и подрывной пропаганды места в СОЕ не нашлось. В сентябре 1940 года после неудачной попытки назначить Гранда заместителем Нельсона он был уволен со службы, Холланд сам перешел в регулярные саперные войска, а Кэмпбелла Стюарта вежливо уволили. Руководителем СО-1 назначили Рекса Липера, СО-2 возглавлял лично Фрэнк Нельсон.
Взаимодействие СО-1 с СО-2 практически отсутствовало, фактически они представляли собой две параллельные организации и работали скорее порознь, чем вместе. Более того, за СО-1 разгорелась межведомственная борьба. На руководство службой подрывной пропаганды заявил претензии министр информации Дафф Купер, в результате чего ее изъяли из ведения министерства экономической войны. После этого она получила название Исполнительного органа политической войны (ПВЕ) и осталась межведомственной, а основное руководство ее операциями возложили на министерство иностранных дел. В составе ПВЕ, по-прежнему руководимого Рексом Липером, имелись весьма узко специализированные секции, например, подрывной пропаганды против экипажей подводных лодок. Радиовещание и листовки были не единственным оружием психологической войны, для целенаправленного распространения слухов ПВЕ использовал собственных агентов. Они направлялись в Европу по каналам СОЕ, поскольку сотрудникам МИ-6 категорически запрещалось вступать с ними в любые контакты. Это не было случайным эпизодом. На протяжении всей войны разведка занимала враждебную позицию по отношению к новым структурам спецслужб, доходившую периодами до неприкрытой конфронтации. Строго говоря, даже согласие начальника СИС на создание СОЕ было получено исключительно по причине того, что он неверно понял суть представленных ему документов и решил, что секция “Д” останется в его административном подчинении. Мензис не мог простить изъятия из своей сферы влияния всех диверсионных и подрывных операций, но намного сильнее тревожило его отстранение МИ-6 от работы с европейским движением Сопротивления. Руководитель СИС считал, что дилетантов из СОЕ нельзя допускать к столь тонкому делу, определяющему послевоенное устройство Европы, справиться с которым в состоянии лишь его ведомство. Однако все протесты оставались безрезультатными, что лишь усиливало враждебность Мензиса к более удачливым коллегам.
Тем временем постепенно сформировались задачи Исполнительного органа специальных операций, скорректированные после провала первоначального замысла сосредоточить в нем не только диверсионные и партизанские, но и пропагандистские операции. Осенью 1940 года были установлены приоритетные линии и направления, разбитые на три группы по степени важности:
I приоритет. Моральный дух итальянцев, железнодорожное сообщение между Италией и Швейцарией, коммуникации противника и снабжение его войск во Франции, Бельгии и Голландии, коммуникации Румынии с Германией и Италией, коммуникации противника на Среднем Востоке и нефть, подготовка к разрушению коммуникаций противника в Болгарии и Югославии, подготовка к разрушению коммуникаций противника в Испании и Португалии, подготовка к взаимодействию с собственными силами на атлантических островах, в Танжере, на Балеарских островах, в Испанском Марокко и на юге Испании.
II приоритет. Подготовка к взаимодействию с собственными силами в Тунисе, на юге Италии, на Сардинии и Сицилии.
III приоритет. Подготовка к взаимодействию с собственными силами на юге Норвегии, в Бретани, Шербуре и Бордо, а также в Голландии и Бельгии.