Не менее важной задачей стало обеспечение безопасности войск, штабов и военных учреждений, в условиях войны предявляющих наиболее притягательные цели для агентов, диверсантов и террористов противника. Как известно, в начальный период войны военная контрразведка являлась обязанностью Третьих управлений НКО и НКВМФ. Начальник Третьего управления Наркомата обороны А. Н. Михеев 22 июня 1941 года также издал директиву № 34794, в которой приказывал форсировать работу по созданию резидентур и обеспечению их запасными резидентами. В первую очередь предписывалось укомплектовывать полноценными резидентурами подразделения, убывающие в районы боевых действий. Активизировалась разработка подучетного элемента. Задачи органов военной контрразведки по обеспечению безопасности действующей армии и войскового тыла включали: выявление агентуры противника на стадии проникновения как в войска, так и в зону боевых действий; розыск заброшенных в расположение действующей армии шпионов, террористов и диверсантов; борьбу с изменниками, паникерами, дезертирами и распространителями панических слухов; помощь командованию и политорганам в охране секретов и повышении боеготовности войск. В качестве первого шага 27 июня 1941 года были созданы 3-и отделения военных дорог, агентурным и официальным путем проводившие проверку, очистку от всего подозрительного элемента и оперативное обслуживание поездов с задачами контроля и выявления агентуры противника, изменников и дезертиров.
Сил Третьего управления и Третьих отделов на местах явно не хватало, поскольку именно им противостоял весь разведывательный аппарат германских спецслужб. За несколько часов до начала войны на советскую территорию были заброшены десятки диверсионно-разведывательных групп абвера, в том числе бойцы “Бранденбурга”. Они дезорганизовывали управление войсками, нарушали проводную связь, захватывали мосты и иные барьерные места коммуникаций для их удержания до подхода своих войск или, наоборот, разрушали для дезорганизации отступления Красной Армии, создавали панику и неразбериху в тылу, убивали командиров и делегатов связи, а также вели разведку. Передовые группы агентов с радиостанциями в советской униформе на трофейном транспорте проникали в тыл Красной Армии на глубину от 50 до 300 километров. В первые месяцы войны абвер имел на Восточном фронте 13 разведшкол, в которых единовременно проходили подготовку до 2 тысяч агентов, а всего численность германской агентуры в боевых порядках действующей армии достигала 5 тысяч человек[322]
, среди них было много владевших русским языком уроженцев Прибалтики. Еще в 1940 году на советско-германской границе были выявлены 95 развед-пунктов абвера, штатная численность некоторых из них достигала 30 сотрудников. Имеется информация о ликвидации на территории СССР в 1940 и первой половине 1941 года 66 резидентур германской разведки и аресте 1600 агентов, 1400 из которых действовали в западных районах страны[323]. Приведенные величины заставляют предположить явное завышение числа арестованных агентов за счет шпиономании, однако даже и с учетом этого масштабы разведывательной работы абвера и СД производят впечатление. В непосредственно предшествовавший началу войны период агентура забрасывалась в СССР также и легальным путем в составе торговых и иных делегаций и комиссий по переселению немцев в Германию. Приграничные районы Западной Украины и Западной Белоруссии изучали разведчики и агенты абвера, включенные в состав комиссий по эксгумации германских военнослужащих, убитых и захороненных в сентябре 1939 года на этих бывших польских территориях. Таким образом, противник смог провести тщательную рекогносцировку районов предстоящих боевых действий и их широкую агентурную разведку. Весьма эффективной оказалась поездка майора абвера Бертольда Шульце-Хольтуса, предпринятая им под видом туриста “Бруно Шульце” по маршруту Москва — Харьков — Ростов-на-Дону — Грозный — Баку. В ее ходе германский разведчик изучал советские военно-промышленные и нефтяные объекты, а в итоге осел в Иране с задачей, в частности, создания базы для подготовки и заброски диверсантов на нефтепромыслы и нефтеперерабатывающие заводы в Закавказье.