Их заместителями стали начальники управлений контрразведки фронтов и начальники войск по охране тыла. Уполномоченные были призваны не только улучшить координацию работы на всех уровнях в зоне своей ответственности, но и поднять ее на более высокий политический уровень. Под их прямым руководством действовали оперативные группы по арестам высшего командного и политического руководства вермахта и рейха, руководящих и ответственных работников спецслужб, тюрем и лагерей, полиции всех видов, бургомистров, депутатов, хозяйственных руководителей, функционеров НСДАП, редакторов нацистской прессы и других лиц, представляющих оперативный или политический интерес, а также военнослужащих союзных с Германией государств и коллаборационистских воинских формирований. Они направлялись в два типа лагерей. Все военнослужащие вермахта, фольксштурма и работники военной администрации попадали в лагеря военнопленных, а гражданские участники враждебных и антисоветских организаций, а также руководители местной администрации помещались в лагеря для интернированных. Для выполнения столь масштабных задач сил, находившихся в распоряжении органов “СМЕРШ” фронтов, было явно недостаточно. Уполномоченным НКВД подчинялись не только все действовавшие в полосе их фронтов войска по охране тыла общей численностью свыше 31 тысячи человек, но и дополнительно направленные 4 дивизии и 4 отдельных полка пограничных и внутренних войск НКВД.
Не менее важной и масштабной являлась также находившаяся под прямым и непосредственным руководством уполномоченных НКВД задача фильтрации репатриируемых советских граждан и освобождаемых военнопленных. Все они первоначально попадали в ведение сборно-пересыльных пунктов (СПП), организованных отделами при репатриации при штабе каждого из фронтов в соответствии с Постановлением СНК СССР № 30-12с от 6 января 1945 года. В них действовали проверочно-фильтрационные комиссии, состоявшие из представителей НКВД, “СМЕРШ” и НКГБ, выносившие суждение о каждом из проверяемых. Кроме того, проверялись и жители приграничных областей Советского Союза, но эта задача решалась в 16 проверочно-фильтрационных пунктах (ПФП), дислоцировавшихся на территории СССР. В них госпроверку проводили только сотрудники НКВД.
В целом работа уполномоченных НКВД на фронтах явилась удачным решением, позволившим существенно ускорить решение поставленных задач. Высокий служебный ранг позволял им решать многие вопросы без дополнительных санкций и гарантировал не только их выполнение подчиненными работниками, но и исполнительность военного командования.
Борьба спецслужб продолжалась и в восточных районах СССР, правда, с существенно меньшей интенсивностью. Японская разведка действовала на советском Дальнем Востоке и некоторых глубинных областях страны в основном с территории Маньчжурии, где ее организовывали и координировали военные миссии. Главной из них была насчитывавшая до тысячи сотрудников Харбинская ЯВМ под руководством генерал-майора Аникуса. Она являлась региональной и руководила другими подчиненными миссиями, забрасывавшими агентуру по строго определенным направлениям: владивостокскому, хабаровскому, биробиджанскому, благовещенскому, куйбышевскому и борзинскому. Прикрытие агентов разнообразием не отличалось, в основном они выступали под видом эмигрантов, беженцев и партизан, в основном китайских и корейских крестьян. Японцы вели прежде всего военную разведку, но занимались также и политической. Советские спецслужбы располагали неплохой агентурой на входившем тогда в состав Японии Южном Сахалине и получили оттуда информацию об интересе противника к советским гражданам — сотрудникам нефтяных, угольных и рыбных концессий. После этого УНКГБ по Хабаровскому краю смогло подставить под вербовку нескольких своих агентов и выявить японские каналы для засылки агентуры в Хабаровск, Комсомольск-на-Амуре, Благовещенск и некоторые другие города региона. Полученная информация позволила работать на опережение. Например, только Хабаровское УНКВД в 1942 году забросило на территорию Маньчжурии 32 агента-вербовщика. Им удалось привлечь к сотрудничеству 20 агентов и 30 связников из местных жителей, в числе которых 5 были направлены в Харбин на оседание[380]
. Расовые различия заставляли использовать в основном агентов из маньчжур, китайцев, удэгейцев и других народностей, у которых, как правило, имелись родственники на сопредельной стороне. Это позволяло успешно легендировать их заброску, однако часто оборачивалось и другой стороной. Попав в знакомую обстановку, многие агенты просто находили укрытие у многочисленной родни и не возвращались.