5. Вербовки агентуры производить с целью установления в первую очередь руководства, связников, содержателей конспиративных квартир. Выявлять в подпольных организациях немецкую и английскую агентуру, перехватывать ее каналы связи и внедрять в их руководство свою агентуру на освобождаемых территориях, в Польше и особенно в Варшаве.
6. Установить связь с закордонной разведкой в плане использования ее возможностей для проникновения в подполье.
7. Учитывать предстоящий призыв способных носить оружие поляков в состав польской армии в СССР, поэтому принимать меры к исключению проникновения в ряды мобилизованных эмиссаров лондонского правительства и участников националистического подполья.
Специально с целью борьбы с АК в тылы вермахта направлялся ряд оперативно-чекистских групп и партизанских отрядов. Комплекс принятых мер и отсутствие базы для подпольного движения вскоре после очистки территорий Западной Белоруссии, Западной Украины и Литвы от германских войск привели к быстрому вытеснению польских подпольных организаций на запад от новой границы СССР, где в борьбу с ними включились коммунистические органы безопасности Польши.
Немало проблем вызывало у советского руководства литовское сепаратистское движение, возглавлявшееся Президиумом Союза борьбы за освобождение Литвы. ЛЛА считалась его вооруженным формированием, а во главе и политической, и военизированной структуры стоял один и тот же человек, Йонас Жемайтис (“Витаутас”) — В период пика своей численности ЛЛА насчитывала до 30 тысяч бойцов, весьма немало для небольшой Литвы. Борьбу с ними до середины 1945 года вели части и подразделения 3-го Украинского фронта, позднее существенно укрепленные двумя дивизиями внутренних войск. В рамках оперативной работы ЛЛА разрабатывали примерно на тех же принципах, что и УПА. НКВД также создавал в Литве легендированные под подполье агентурные спецгруппы и ложные партизанские отряды, фактически представлявшие собой агентурно-боевые группы. Борьба с литовскими вооруженными сепаратистами велась до 1950-х годов, а последнее боестолкновение с подпольщиками произошло 17 марта 1965 года.