В итоге долгих согласований в августе 1940 года ЦИД совместно с СИС направила в Голландию своего агента лейтенанта Лодо ван Хаммеля. После благополучного приземления с парашютом через некоторое время он был арестован и казнен вместе с еще тремя участниками голландского движения Сопротивления, что надолго отбило у ЦИД стремление работать с ненадежными британскими коллегами. Состоявшаяся через некоторое время новая попытка стоила жизни еще четырем голландцам, и это привело к тому, что созданная МИ-6 голландская секция фактически бездействовала из-за нежелания другой стороны сотрудничать. Одним из камней преткновения явился вопрос об использовании британских шифров и каналов радиосвязи. Будущее показало, что в своих опасениях ЦИД была абсолютно права. Впечатляющий крах англо-голландской агентурной сети в знаменитой контрразведывательной операции немцев “Нордполь” явился результатом именно провалов в обеспечении безопасности связи и компрометации шифров. Но шла война, и конфронтацию все же следовало прекращать. 14 августа 1941 года ван ’т Санта переместили с занимаемой должности, заменив более управляемым доктором Р. П. Дж. Дерксема, а 5 февраля 1942 года — полковником М. Р. де Брюйном. Отвечавший за связи с голландцами офицер СИС также сменился, причем дважды. На смену не сработавшемуся с партнерами Юэну Рабайяти прибыл Чарльз Сеймур, позднее замененный Джоном Кордо. 1 июля 1942 года ван ’т Сант вновь занял пост начальника ЦИД, но после этого служба просуществовала недолго и 28 ноября того же года уступила место Разведывательному бюро (БИ) под руководством капитана армейского резерва (впоследствии майора) X. Броекмана. На этом чехарда с начальниками разведки не закончилась. В июле 1943 года из-за сильного сердечного приступа Броекману пришлось подать в отставку, и его место занял майор армии Голландской Восточной Индии И. Сомер.
С 8 февраля 1940 по середину июня 1941 года правительство Нидерландов располагало параллельной секретной службой для осуществления специальных операций — Диверсионным бюро во главе с Дийксхорном, распущенной ввиду крайней неэффективности. По инициативе министра ВМС вице-адмирала Фурстнера 20 декабря 1941 года вместо него была сформирована подчиненная флоту диверсионная служба с оптимистическим названием Бюро по подготовке к возвращению (БВТ). Его руководителем являлся уже упоминавшийся полковник де Брюйн, который с 5 февраля по 1 июля одновременно возглавлял и разведку ЦИД. Он оказался более лоялен к англичанам, однако старался сотрудничать исключительно с СОЕ. БВТ не стало последней структурой в нескончаемом ряду реорганизаций голландских спецслужб. 1 июля 1942 года его расформировали и заменили Военным бюро приготовлений к возвращению (БМВТ, иногда использовалась сокращенная аббревиатура МВТ), теперь подчинявшимся не флоту, а армии. Во главе новой службы специальных операций остался де Брюйн. Однако в конце 1943 года МВТ также распустили, а с середины марта 1944 года его место заняло Бюро по специальным операциям (ББО) во главе с давним партнером британской разведки генерал-майором Дж. ван Ооршо-том, заместителем которого стал Кас де Грааф, а с осени 1944 года — Й. Клийм. Параллельно с этими структурами действовала также неформальная и никому, кроме военного министра, не подчинявшаяся группа под руководством Эрика Хазельхоф Роельфзема.