К тем дням серьезно заболел А.В. Новиков, его положили для излечения в госпиталь. В связи с этим командир вышел в море без инженер-механика под личную ответственность.
В том же месяце ему было присвоено звание капитана 3-го ранга.
Благодаря высоким деловым и командирским качествам Маринеско повысили в должности, назначив его командиром С-13 — подводной лодки среднего водоизмещения.
В связи с прорывом блокады Ленинграда весной 1944 года возникла возможность вызвать в Ленинград эвакуированные семьи. Подводники были этому рады. В Горький за своей семьей Маринеско направил Геннадия Васильевича Зеленцова, как горьковчанина. Зеленцов съездил в село Борисово около Мурома, где проживала жена командира Нина Ильинична с десятилетней дочерью Лорой, и благополучно доставил их в Кронштадт, где они побывали на новой для них подводной лодке С-13.
Маринеско отлично понимал свою роль на корабле. Дорогое военное время он использовал для надежной боевой подготовки краснофлотцев, старшин и подчиненных офицеров. Настойчиво работал для обеспечения полной готовности артиллерии, торпедного вооружения и техники. В ходе войны это было главным делом.
С-13 имела пушки калибром в 100 и 45 миллиметров. Артиллерийское вооружение оказалось достаточно эффективным. Это качество удалось использовать 9 октября 1944 года при атаке вооруженного транспорта «Зигфрид» в районе Данцигской бухты. Маринеско удалось первым обнаружить этот транспорт и выйти на позицию для атаки. Вполне вероятно, что в сложной морской ситуации «Зигфрид» шел в состоянии повышенной боевой готовности. Это было логично для всех вооруженных транспортов. В таком состоянии служба наблюдения за морем на транспорте должна была исполняться без нарушений и, следовательно, считалась надежной.
Благодаря такому состоянию службы командир «Зигфрида» вовремя обнаружил подводную лодку и немедленно приготовился к маневрированию. Положение становилось катастрофическим. Наблюдатели на транспорте были теперь обязаны увидеть следы торпед.
Маринеско дал первый залп двумя торпедами носовых аппаратов.
Транспорту повезло. Наблюдатели увидели следы торпед, и командиру удалось отвернуть судно от ударов. Во второй раз наблюдателям противника снова посчастливилось. Они опять заметили следы торпед следующего залпа, и транспорт снова уклонился от ударов.
Удача была велика. Командир транспорта понимал, что подводная лодка израсходовала основной запас торпед. И логично было полагать, что командир «Зигфрида» радовался своему успеху. Но, как оказалось, радовался он преждевременно. Все равно события для него закончились трагически.
Не имея времени перезарядить торпедные аппараты, Маринеско решил уничтожить транспорт артиллерийским огнем. В подводном положении он вывел лодку для артиллерийского удара. Лодка всплыла. Артиллеристы молниеносно заняли боевые посты и вывели стволы орудий на транспорт. С транспорта отвечали из пушки и автоматов.
— Огонь! — скомандовал Маринеско.
Снарядами артиллеристы разбили подводную часть корпуса транспорта, имевшего водоизмещение 5 тысяч тонн. Через разрушения корпуса транспорт быстро затоплялся морской водой и вскоре затонул.
Моряки С-13 были рады боевому успеху. Командир лодки получил орден Красного Знамени, остальные члены экипажа — ордена Отечественной войны, Красной Звезды и медали.
Поражения Германии в войне, безусловно, отразились на загруженности морских коммуникаций, в том числе и на Балтийском море. Коммуникации более плотно стали контролироваться советскими подводными лодками. Иначе и не могло быть.
Благодаря победам Советской армии Финляндия была выведена из числа союзников Германии, и 19 сентября 1944 года с ее правительством состоялось подписание соглашения о перемирии. Оно позволило нашему командованию перебазировать часть подводных лодок в воен-но-морские базы Финляндии.
Там же базировалась и С-13. Финская база материально привязала к себе корабли. Экипажи установили культурные связи с иностранным городом. Хотя и редко, но все же организовывались увольнения на берег «для размагничивания», как говорил Маринеско.
В городе Турку у Маринеско состоялось знакомство с хозяйкой гостиницы. У нее он и капитан 3-го ранга П. Лобанов встречали новогоднюю ночь 1945 года. Это была прекрасная и незабываемая новогодняя ночь. Душевный праздник подкрасила симпатичная и обворожительная хозяйка. Богатый стол, разнообразные блюда за ужином, вина — по вкусу, романсы и танцы. И еще — замечательная молодость в тридцать лет.
Они понимали, что празднуют новогоднюю ночь в жестокое время. Хозяйка гостиницы привлекала Александра добрым отношением. На его взгляд, она казалась умной и распорядительной. В гостинице были чистота и уют, а эти обстоятельства вполне устраивали ее жителей и гостей. В ресторане звучала приятная музыка.
Хозяйка была патриотичной шведкой и в то же время симпатизировала русским морякам и одобряла их успехи на море.
Возвратился Маринеско на лодку с опозданием, несмотря на вызов.