Что касается Ю. В. Андропова, то в сентябре 1983 года он хранил полное молчание, сознательно предоставив слово военным. Только 21 сентября в нашей печати появилось письмо Андропова «группе социал-демократических депутатов бундестага ФРГ». В нем говорилось о проблеме гонки вооружений и особенно о предполагаемом размещении американских ракет средней дальности на территории ФРГ. О трагедии над Японским морем Андропов не упомянул в своем письме ни словом. Однако в начале октября ему пришлось сделать заявление и об инциденте с «Боингом-747», и о пропагандистской кампании США и Запада в целом. В своем заявлении Андропов полностью оправдывал действия советских военных властей и предупреждал, что Советский Союз будет и впредь очень жестко реагировать на провокации западных разведывательных служб. Заявление это было даже более резким, чем все прежние заявления советских военных и гражданских руководителей. Западные наблюдатели комментировал и, однако, не столько резкость выражений советского лидера, сколько тот факт, что он молчал о произошедшей трагедии больше месяца. Высказывались предположения об усилении роли военных в СССР или о разного рода противоречиях в Политбюро.
Близкие к Андропову люди говорили позднее, что он достаточно хорошо сознавал, что военные лидеры страны запутались в трактовке произошедшей трагедии и тем самым подставили генсека. Но по понятиям того времени он был не вправе ради укрепления собственного авторитета подставлять под удар военных. Такие случаи бывали и в истории США. Так, например, американские военные власти просто обманули в 1960 году президента Д. Эйзенхауэра в инциденте со сбитым над Уралом самолетом-разведчиком «У-2». Неверную информацию от военных получил в 1961 году о военных действиях на кубинской территории президент Д. Кеннеди.
Так или иначе, трагедия над Японским морем и долгое молчание советских властей о ней привели к тому, что именно СССР заплатил за свои действия чрезвычайно высокую политическую и существенную экономическую цену. Известно, что США надолго закрыли для советских гражданских самолетов американские аэродромы. Ряд санкций против СССР был принят и Международной ассоциацией гражданской авиации (ИКАО).
В политике трудно всегда говорить правду. Но есть ситуации, когда намеренное ее сокрытие приносит несравненно больший вред, чем признание пусть неприятных, но очевидных фактов. И, конечно, США не упустили в своей политике и пропаганде тот явный просчет советской стороны, к которому и Андропов имел, несомненно, прямое или косвенное отношение.
Как известно, еще с весны 1992 года по решению новых «демократических» властей Российской Федерации началось рассекречивание всех, даже самых секретных, советских архивов. В специальной папке «президентского» архива (а ранее архива Политбюро) хранились и все документы, связанные с судьбой корейского самолета «Боинг-747». Основные из этих документов были опубликованы — см., например, газету «Известия» от 15 октября 1992 года. Из опубликованных документов мы узнали, что вскоре после описанной выше трагедии в районах Камчатки и острова Сахалин силами Тихоокеанского флота были организованы поиски электронной аппаратуры самолета — пресловутых «черных ящиков». Для поиска было привлечено до 40 кораблей и судов обеспечения Тихоокеанского флота, а также Мингазпрома и Минрыбпрома. 20 октября 1983 года были обнаружены остатки самолета, а через несколько дней, как докладывали Андропову Д. Устинов и В. Чебриков, была обнаружена и «интересующая нас электронная аппаратура (регистратор параметров полета и работы систем самолета и регистратор переговоров экипажа с наземными пунктами управления и членов экипажа между собой)». Эта аппаратура была поднята на борт корабля и самолетами доставлена в Москву в Научно-исследовательский институт Военно-Воздушных сил для дешифровки и перевода. Вся эта работа заняла еще около месяца. При этом советские корабли продолжали имитацию поисков аппаратуры, и поэтому ни американская, ни японская, ни корейская разведки так и не узнали о том, что «черные ящики» погибшего «Боинга» уже изучаются в Москве.
Тщательная экспертиза показала советским экспертам, что отклонение «Боинга» от его обычного курса не было случайным. Экипаж самолета не мог не знать, что он летит над советской территорией. Было доказано что «КАЛ-007» регулярно поддерживал связь с другим южнокорейским самолетом, который совершал полет на близком расстоянии по международной трассе. Но не было получено доказательств разведывательного характера всей этой трагически закончившейся акции. В связи с этим Д. Устинов и В. Чебриков докладывали Ю. Андропову: