Это было опрометчивое заявление. Нельзя о столь важных и опасных делах заявлять только на основе «ощущений». Однако западная пресса раздула заявление Сахарова. Генеральная прокуратура СССР сделала официальное предупреждение Сахарову о том, что его заявление о взрывах приведет к его аресту по обвинению в клевете. С другой стороны, департамент США в своем заявлении выразил восхищение Сахаровым и полное к нему доверие. Некоторые из диссидентов, поддержавших версию Сахарова, были арестованы за «клевету», а самиздатский журнал «Поиски», также обвинивший во взрывах в Москве КГБ, был фактически разгромлен. Взаимное раздражение было очень велико, кампания в печати против Сахарова усилилась. Некоторые из писем, опубликованных в газетах, принадлежали родственникам погибших в метро людей. Судебные приговоры, вынесенные диссидентам в 1977 году, были более суровыми, чем в 1975–1976 гг. Обосновывая эту практику, Ю. Андропов и Генеральный прокурор СССР Р. Руденко отмечали в своем письме в ЦК КПСС, что «главари так называемых диссидентов (не говоря уже о Сахарове) все более наглеют, представляя собой крайне отрицательный и опасный пример для других».
Вскоре после взрыва в метро на Курском вокзале была обезврежена еще одна самодельная бомба с часовым механизмом, заложенная в чемодан в зале ожидания. Хозяин чемодана ушел, поручив его вниманию соседки. Возможно, что этот случай дал какую-то нить. В Москве были арестованы три армянских радикал-националиста из подпольной Национальной объединенной партии Армении (НОП) Степан Затикян, Акоп Степанян и Завен Багдасарян. Их обвинили в подготовке и проведении серии террористических актов в Москве. Следствие было долгим, и его материалы составили 64 тома. Судебный процесс по данному делу происходил уже в январе 1979 года в Верховном Суде СССР под председательством Евгения Смоленцева. Этот процесс был практически закрытым и продолжался всего 4 дня. Смертный приговор был вынесен 24 января, его сообщили родным осужденных 28 января и разрешили 30-минутное свидание. Ходатайство о помиловании было отклонено Президиумом Верховного Совета СССР 30 января 1979 года. Постановление об этом за подписью Брежнева и Георгадзе было отправлено в Верховный Суд и в КГБ 30 января, и в этот же день приговор был приведен в исполнение, о чем появилась короткая информация в печати. А. Сахаров публично и решительно протестовал по поводу этого скорого и закрытого суда, хотя и не повторял более версии о виновности КГБ в террористических актах. На Сахарова снова обрушился поток не только статей в газетах, но и угроз по телефону. Несколько человек хотели ворваться к нему в квартиру, выдавая себя за родственников погибших в метро. Ю. Андропов внимательно следил за ходом следствия, а затем и судебного процесса по данному делу, но воздержался от каких-либо публичных высказываний.
В декабре 1979 года Советский Союз ввел свои войска в Афганистан. Международные протесты по поводу этой акции были очень значительны, специальное решение с осуждением СССР приняла подавляющим большинством голосов Генеральная Ассамблея ООН. Почти все западные страны приняли решение в знак протеста против советского вторжения в Афганистан воздержаться от участия в очередных Олимпийских играх, которые впервые в истории этих Игр должны были проходить в Москве. Но внутри Советского Союза общественность протестовала против этой акции довольно вяло, и дело было не только в страхе перед возможными репрессиями. А. Д. Сахаров поднял голос протеста одним из первых, и этот протест был хорошо слышен на Западе. Интервью Сахарова немецкой газете «Ди Вельт» много раз передавалось по радиостанции «Немецкая волна», большое интервью Сахарова американской газете «Нью-Йорк таймс» передавалось много раз радиостанцией! «Голос Америки». Чаша терпения властей в Кремле переполнилась. К тому же грохот орудий в Афганистане и шум протестов по поводу этой акции на Западе были настолько сильны, что ждать слишком большого их усиления в связи с репрессией, направленной против Сахарова, не приходилось.
Указ Президиума Верховного Совета СССР «О лишении Сахарова А. Д. государственные наград СССР» был подписан Брежневым и М. Георгадзе 8 января 1980 года, но обнародован только в конце месяца. Нам пока неизвестны! те обсуждения, которые проводились в Политбюро ЦК КПСС в конце декабря и в начале января по вопросу о судьбе А. Д. Сахарова. Не были пока опубликованы! и те доклады и информационные записки КГБ, которые направлялись по этому поводу Андроповым в ЦК. А. Сахаров был задержан 22 января 1980 года прямо на улице и препровожден в Прокуратуру СССР. Генеральный прокурор СССР А. М. Рекунков зачитал Сахарову упомянутый выше указ, а также анонимное решение «О высылке А. Д. Сахарова из Москвы в место, исключающее его контакты с иностранными гражданами». Таким местом был избран город Горький, закрытый в то время для иностранцев.