Помимо гидродинамиков ЦКБ к доводке МБР-7 привлекли и специалистов из второго отдела ЦАГИ. По их рекомендации первый редан был перенесен на 320 мм вперед. Проведенные после этого испытательные полеты показали, что поведение самолета на взлете стало вполне нормальным, однако посадка самолета нисколько не улучшилась. МБР-7 продолжал «барсить» при посадке, независимо от состояния водной поверхности.
Решение возникшей проблемы стали искать в увеличении поперечной килеватости носовой части днища лодки и изменении формы первого редана. Одновременно в гидроканале ЦАГИ на динамически-подобных моделях самолета начали поиск наиболее оптимальных обводов лодки. В этом поиске двигаться пришлось на ощупь, и днище лодки фактически переделывалось (с изменением формы и расположения обоих реданов) несколько раз, увеличивалась поперечная килеватость днища, менялись углы установки стабилизатора. Только с восьмым вариантом обводов при посадке выбросов самолета из воды больше не наблюдалось до окончания заводских испытаний.
Правда, в отчете честно отметили, что «по данным испытаний трудно выделить одно из конструктивных мероприятий, как наиболее эффективное, которое устранило выбрасывание самолета из воды при посадке, пожалуй, правильнее будет считать, что этот дефект самолета устранила вся сумма осуществленных мероприятий».
Вполне естественно, что из-за доводок заводские испытания затянулись до глубокой осени и закончились 16 октября 1939 г. Кроме Н.П. Котякова в испытаниях МБР-7 участвовал летчик-испытатель М.В. Цепилов. Кроме того, летающую лодку облетывали летчики-испытатели ЛИИ авиации РКВМФ С.А. Коровицкий и Д.И. Вовк, а также заводские летчики А.И. Смоловик и В.Д. Созинов. Но всеми признавалось, что полностью «укрощать» машину удавалось только Котякову.
Котяков же давал и летно-пилотажную оценку самолета. В ней он отметил, что:
«а) поперечная устойчивость самолета на всех режимах полета хорошая,
б) при переходе от моторного полета в безмоторный разворот самолета влево вызовет некоторые затруднения в слепом полете,
в) вибрации на всех режимах полета отсутствуют,
г) винтомоторная группа при всех испытаниях самолета работала хорошо и безотказно,
д) техника пилотирования самолетом требует средней квалификации летчика».
В целом же в отчете было осторожно отмечено, что «самолет отвечает тактико-техническим требованиям и может быть допущен к военным испытаниям».
Но полоса неудач продолжалась. Для продолжения испытаний МБР-7 решено было перегнать в Севастополь. Перелет был назначен на 26 октября. Но в Севастополь самолет так и не попал. В день вылета погода была свежей и на взлете машина начала «барсить», при очередном прыжке высоко подлетела и, не набрав нужной скорости, перевернувшись, упала в воду. Летчик Д.И. Вовк и бортмеханик А.Е. Бережной, находившиеся на борту, остались живы, но сам опытный МБР-7 восстанавливать не стали.
Выявленные в ходе испытаний недостатки и дефекты решено было в полной мере устранить на втором экземпляре МБР-7, строительство которого завершилось весной 1940 г. Дублер отличался от первой опытной машины сдвинутой к носу на 0,2 м, для получения более передней центровки, мотогондолой. Для снижения веса самолета крыло сделали неразъемным. Кроме того, увеличили площадь щитков Шренка, вертикального и горизонтального оперения, в том числе рулей поворота и высоты.
Первые пробежки для выявления степени продольной устойчивости самолета начались 13 мая 1940 г. Теперь МБР-7 глиссировал вполне устойчиво. Однако крен на левое крыло из-за реактивного момента воздушного винта остался. Для уравновешивания самолета в носок концевого отсека правого крыла был заделан свинцовый балласт весом 15,2 кг. Для погашения реактивного момента на малых скоростях правый подкрыльевой поплавок был поднят вверх относительно левого поплавка на 0,15 м.
31 мая МБР-7 дублер, которым управлял все тот же Н.П. Котяков совершил свой первый полет. На этот раз особых проблем не возникало, и испытания были завершены 24 июня после выполнения 26 полетов.
В отчете по наиболее болезненному вопросу «барсах» на посадке констатировалось: «Расчет на посадку, подход к воде, выдерживание и сама посадка выполняются легко. Касание воды происходит мягко. Тенденции к барсу у самолета нет».
В заключении отмечалось: «Летные данные второго экземпляра опытного самолета соответствуют летным данным первого опытного самолета. Самолет в основном соответствует тактико-техническим требованиям.
Самолет полностью доведен, испытан согласно утвержденной НКАП программы и подлежит передаче на государственные испытания».