В таком виде на Саратовском авиазаводе изготовили серию из десяти Як-25Р для войсковых испытаний.
Специально для авиации флота согласно майскому 1954-го Постановлению Правительства построили разведчик Як-25МР и в следующем году начали его испытания. Самолет предназначался для радиолокационной и фоторазведки морских целей.
Вооружение очередной модификации «яка» состояло из пушки Н-37Л. На разведчике в носовой удлиненной части фюзеляжа разместили аппаратуру радиолокационной разведки СПРС-1 «Курс» с фотоприставкой ФА-РЛ-1 и фотоаппарат АФА-33/75 для перспективной и плановой съемки, ответчик СРО заменили запросчиком-ответчиком СРЗО-1.
В дополнение к командной радиостанции РСИУ-3 установили связную 1-РСБ-70М. В специальной нише в хвостовой части фюзеляжа находилась спасательная лодка ЛАС-5М.
Однако станцию радиолокационной разведки «Курс» так и не удалось довести до рабочего состояния. В итоге Як-25МР остался в единственном экземпляре.
Такая же участь постигла и бомбардировщик Як-25Б («125Б», Як-25Б), оснащенный оптическим и радиолокационным прицелами. Его постройку в ОКБ-115 завершили в августе 1954 года, и осенью машину облетал экипаж летчика-испытателя ОКБ В. М. Волкова (ведущий – инженер В. В. Шелепчиков). В связи с новым назначением самолета кабину штурмана расположили в носовой части фюзеляжа.
В ходе заводских испытаний 4 декабря самолет, пилотируемый В. М. Волковым, получил повреждения из-за остановившегося на высоте 1200 метров двигателя. Испытания затянулись, и бомбардировщик передали в НИИ ВВС только в мае 1955 года. Темпы развития авиатехники в те годы были столь высоки, что Як-25Б успел морально устареть, едва родившись.
На базе Як-25 прорабатывался истребитель дальнего действия с двумя двигателями АМ-5Ф тягой по 2200 кгс. Расчеты показали, что самолет с 500 кг бомб сможет летать со скоростью до 1200 км/ч на высоте 12–14 км. Его расчетная дальность доходила до 4000 км, а высота над целью – 15–16 км. Вооружение бомбардировщика включало две пушки Н-37 и до 20 реактивных снарядов АРС-57.
На базе Як-25 было сделано немало летающих лабораторий. В частности, в 1961 году в НИИ ВВС на режиме прерванного взлета испытали катапультируемое кресло К-24 с комбинированным стреляющим механизмом КСМ-303-П, разработанным в КБ С. М. Алексеева. При этом были сохранены как манекен, так и само кресло.