Надо сказать, что на опытной машине подвесные топливные баки отсутствовали, но Яковлев пообещал увеличить продолжительность полета перехватчика до четырех часов с подвесными баками, начиная с 51-го серийного самолета.
Для реализации этой программы завод № 292 освободили от выпуска вертолетов Ми-4, но, несмотря на это и другие организационные меры, производство в Саратове разворачивалось не без проблем. В докладной записке от 30 декабря 1954 года за подписью Васильева, направленной из Совмина министру обороны Н. А. Булганину, говорилось:
Тем не менее выпуск перехватчиков со станцией РП-6 «Сокол» (принята на вооружение в 1954-м) под обозначением Як-25М начался, хотя и с опозданием.
Следует отметить, что Як-25 мог решать боевые задачи в сложных метеорологических условиях на высотах от 2500 метров до боевого потолка, а Як-25М с РП-6 – от 300 метров до боевого потолка.
В ходе эксплуатации первых трех серийных «яков» в декабре 1954 года выявилось несколько серьезных дефектов, и среди них – кратковременное утяжеление управления рулем высоты в момент выпуска тормозных щитков и потеря герметичности кабины. Вдобавок выявилось обледенение валов компрессоров двигателей. Машина требовала оперативных доработок.
Несмотря на это, освоение машины в войсках ПВО продолжалось. В марте 1955 года А. С. Яковлев докладывал в МАП П. В. Дементьеву:
Самые главные неприятности были связаны с двигателями, дюралевые лопатки компрессора которых чаще, чем на других самолетах, повреждались посторонними предметами, засасывавшимися с ВПП. Лишь несколько примеров. 19 августа 1955 года на Як-25М № 0913 в полете отказали оба ТРД, спустя двенадцать дней на машине № 1812 остановился левый двигатель.
При подготовке к первомайскому параду 14 апреля 1956 года во время взлета самолет командира группы полковника Вовка (Як-25М № 1818) после разрушения двигателя резко бросило влево. Лишь по счастливой случайности удалось избежать столкновения с ведомым самолетом. Вовк своевременно отключил неисправный ТРД, предотвратив пожар, и приземлился на одном двигателе. Причиной аварии стал обрыв лопатки второй ступени турбины. За восемь дней, предшествовавших параду, при налете 140 часов на 56 машинах пять раз отказывали двигатели АМ-5А по конструктивно-производственным дефектам.
Немало летных происшествий с перехватчиком Як-25 произошло из-за срыва в штопор. Так, 2 июля 1956 года, выполняя испытательный полет, на высоте 1000 метров сорвался в штопор самолет, принадлежавший НИИ-17. Этому способствовала склонность «Яка» к непроизвольному выходу на большие углы атаки при незначительном перетягивании ручки вследствие продольной неустойчивости, когда коэффициент подъемной силы превышал 0,6. Летчики В. З. Кривой и Хорохорин вывели самолет из штопора, но высота оказалась слишком мала, и Як-25, покачиваясь с крыла на крыло, врезался в землю. В том году зафиксировали две катастрофы по аналогичной причине.