Причин для столь сурового вывода было много. Например, самолет отличался сложной техникой пилотирования на взлете. После отрыва от ВПП резко изменялись усилия на штурвале от руля высоты, что приводило к взлетам с «подрывом». Большие усилия на штурвале от руля высоты при даче газа усложняли пилотирование, особенно при уходе на второй круг. В случае отключения одного из моторов и при некоторых соотношениях углов скольжения и отклонения руля поворота нагрузка на педаль снижалась до нуля, и она сама уходила вперед. Более того, по этой причине отмечались случаи срыва машины в штопор. Як-200 обладал недостаточной продольной устойчивостью, а на режиме полного газа не мог лететь с брошенным управлением. Вдобавок отсутствовали устройства борьбы с обледенением воздушных винтов и лобовых стекол кабины.
Самолет вернули в ОКБ, где он подвергся доработке, и в начале января 1954 года Як-200 вновь передали в НИИ ВВС.
На фюзеляже машины установили гребень (форкиль), протянувшийся от 20-го шпангоута до вертикального оперения, и уменьшили до 23° углы отклонения руля поворота. Перекомпоновав специальное оборудование и агрегаты воздушной системы, сместили вперед центр тяжести. Теперь его заднее положение не превышало 14,7 % от средней аэродинамической хорды. Изменили углы установки двигателей. По сравнению с предшественником, ранее проходившим заводские испытания, доработанная машина потяжелела. При этом вес пустого самолета возрос на 120 кг, топлива – на 55 кг (видимо, раньше бак не полностью заправлялся), а взлетный – на 195 кг. Из-за этого немного снизились скорость и скороподъемность. Чуть ухудшились взлетно-посадочные характеристики, но потолок и дальность возросли, хотя запас горючего остался прежним (на первом этапе государственных испытаний бак заливали полностью – 555 кг, и о причинах последнего можно лишь догадываться).
Эти и ряд других доработок благоприятно отразились на поведении машины в полете. А. Ф. Митронин и летчики облета Ю. А. Антипов, С. А. Рычков, И. А. Азбиевич, Соболевский и С. Г. Дедух отмечали, что Як-200 по технике пилотирования стал простым и пригодным для обучения будущих пилотов в строевых частях. Остался доволен машиной и наземный персонал.
Тем не менее заказчик потребовал на первых пяти серийных машинах улучшить рулежные свойства по заснеженной ВПП, уменьшить усилия на штурвале от руля высоты и интенсивность кабрирования после дачи газа при скорости полета по прибору 200–300 км/ч. Слишком большой считалась угловая скорость крена в случае отказа одного из двигателей, и необходимо было снизить ее до величины, соответствовавшей требованиям ВВС. Заказчик в очередной раз напомнил о необходимости оборудовать машину устройствами обогрева кабины и борьбы с обледенением лобовых стекол и воздушных винтов.
Спустя четыре месяца после начала заводских испытаний Як-200 на аэродром перевезли учебно-штурманский Як-210. В отличие от предшественника в его носовой части оборудовали штурманскую кабину с радиолокационным прицепом ПСБН-М и аэрофотоаппаратом АФА-БА-40.
Из-за дополнительного оборудования самолет потяжелел, его взлетный вес достиг 5422 кг. Однако пилотажные характеристики машины остались почти как у предшественника.
Казалось, все шло хорошо, и машине уготована счастливая судьба, но в соответствии с мартовским 1956 года постановлением правительства все работы по Як-200/210 прекратили.
В 1950-м начались испытания учебно-тренировочного варианта бомбардировщика Ил-28У, и к 1953 году эту машину можно было встретить на аэродромах ВВС. Ил-28У оказался столь удачен, что выпускался серийно и стал основным в летных училищах на долгие десятилетия.
В конце 1950-х наметился переход от двухступенчатой подготовки летчиков, начинавшейся с самолетов с поршневыми двигателями, на реактивные машины.