Появление в 1959 году самонаводящейся ракеты Р-3С заметно повлияло на облик перехватчика, поскольку РЛС ЦД-30 позволяла осуществлять пуск ракеты не только по факту захвата цели ее инфракрасной головкой самонаведения, но и с учетом разрешенной дальности пуска, определяемой радаром.
Перехватчик МиГ-21ПФ с радиолокационным прицелом ЦД-30
Первый прототип, получивший обозначение Е-7 (МиГ-21П), комплектовался не только ЦД-30Т, но и аппаратурой «Лазурь», креновым автопилотом КАП-1, курсовой системой истребителя КСИ-1, авиагоризонтом истребителя АГИ-1СА и связной радиостанцией РСИУ-5В («Дуб-5»). С машины сняли радиовысотомер РВ-У.
Для уменьшения посадочной скорости предусмотрели (но не установили) систему сдува пограничного слоя на закрылках. Возросший взлетный вес потребовал доработать конструкцию стоек шасси и заменить колеса увеличенного размера. Внешне это выразилось в увеличении размеров выколоток в обшивке фюзеляжных ниш шасси. На первой машине Е-7/1 стояло старое кресло со шторками, что, видимо, связано с переоборудованием в этот вариант одного из серийных МиГ-21 завода № 31.
Ведущим по испытаниям самолета Е-7/1, преподнесшего немало сюрпризов, был летчик-испытатель ОКБ И.Н. Кравцов. Е-7 опробовали в полете осенью 1958-го, а 28 ноября следующего года произошла первая серьезная авария. В тот день самолет с подвешенными ракетами К-13 на скорости, близкой к максимальному числу М, попал в область путевой неустойчивости, став неуправляемым. От возникшей большой перегрузки летчик временно потерял зрение, после чего катапультировался, к счастью, благополучно. Дорого обходятся летчикам просчеты конструкторов, и никакие деньги и звезды не способны компенсировать потерянное здоровье, а порой и жизнь. Но летчики-испытатели никогда не переведутся, на место ушедших придут молодые романтики, стремящиеся не столько к приключениям и острым ощущениям, сколько желающие познать неизведанное.
В декабре 1959 года построили вторую машину Е-7/2 с увеличенными площадями основного и подфюзеляжного килей. Это мероприятие в совокупности с меньшей площадью крыльевых пилонов, несколько повысило запас путевой устойчивости, но окончательно устранить дефект, присущий первой машине не удалось. Одновременно на самолете установили систему спасения «СК».
В июле следующего года Кравцову выпало еще одно испытание: в 72-м полете на Е-7/2 заклинило управление двигателем, находившееся в положении «максимал». Самолет некоторое время летал над аэродромом, вырабатывая горючее. Но из-за нарушения порядка выработки топлива из баков был потерян контроль над его остатком с последующей остановкой ТРД. Хотя это произошло вблизи аэродрома, но окончилось аварией, после посадки на грунт на значительном удалении от ВПП.
Вслед за этим еще одно ЧП, на этот раз из-за нарушения функционирования маслосистемы. Последовавшая остановка двигателя повлекла за собой отказ системы кондиционирования и запотевание фонаря. Посадку пришлось делать почти вслепую.
Жизнь Игоря Николаевича Кравцова оборвалась 29 января 1965 года во время испытательного полета на самолете-лаборатории Е-152А. Однако до этого он успел не только довести «до ума» Е-7, но и выполнить ряд полетов на нем в рамках научно-исследовательских работ. Среди них изучение поведения машины с шасси, оснащенным вместо колес стальными полусферами с несимметричным расположением оси их вращения. Этим конструкторы пытались приспособить самолет для эксплуатации с грунтовых аэродромов.
В мае 1960 года на заводские испытания поступил третий опытный Е-7, отличавшийся доработанной топливной системой и отсутствием механизма управления поворотом передней стойки шасси. В том же месяце приняли решение о развертывании серийного производства Е-7 на заводе № 21 под обозначением МиГ-21ПФ («тип 76»). Серийные машины предписывалось начать сдавать заказчику в I квартале следующего года.
Летом 1963 года завершились испытания МиГ-21ПФ с грунтовых ВПП, подтвердившие возможность эксплуатации самолета с аэродромов II класса без искусственного покрытия ВПП.
Поскольку речь зашла об эксплуатации самолета с грунтовых аэродромов, то нельзя обойти молчанием его колесно-лыжный вариант шасси, исследовавшийся в 1962–1965 годах, хотя это несколько опережает хронологию описываемых событий. Исследования начали на Е7/4, а с 1963-го – на МиГ-21ПФ. Доработанные основные опоры шасси имели небольшие дополнительные разгрузочные титановые лыжи, снижавшие в два раза нагрузку на грунт. При это допускалась плотность грунта 4 кг/см2
. В зависимости от состояния ВПП они могли опускаться или подниматься вдоль колеса. Носовая же опора осталась без изменений. В выпущенном положении лыжи находились почти вровень с нижней точкой колеса.