Подобное шасси на серийных самолетах МиГ-21 так и не появилось, но прижилось на истребителе-бомбардировщике Су-7БКЛ.
В тяжелой ситуации на Е-7, как рассказал летчик-испытатель ЛИИ А.А. Щербаков, довелось побывать и его коллеге по институту Олегу Гудкову. В одном из полетов по исследованию инерционного взаимодействия на скорости, соответствовавшей приблизительно числу М=1,9, из-за аэродинамической перекомпенсации руля поворота началось инерционное вращение машины с нормальными перегрузками от положительных десятикратных до отрицательных пятикратных. При этом невидимая сила «умудрилась» вытащить из чашки сиденья спасательный парашют».
На четвертой опытной машине появились дополнительные топливные баки в крыле и в гаргроте за кабиной пилота, что увеличило объем топливной системы самолета на 380 литров. Одновременно на машине еще раз возросла площадь киля, двигатель заменили на Р11Ф2-300 тягой 6120 кгс, а креновый автопилот – на КАП-2. Впоследствии аналогичные доработки осуществили и на Е-7/3.
Следует отметить, что на рубеже 1950-х – 1960-х годов самолеты-перехватчики, как в СССР, так и в США ориентировались исключительно на ракетное вооружение, в ущерб авиационной артиллерии, что соответствовало новой концепции перехвата (не путать с маневренным воздушным боем). Но, разрабатывая F-4 с чисто ракетным вооружением, в США не забывали и о маневренном бое, для которого предназначался F-104, оснащенный пушкой. Не отказались от артиллерийских установок и французы, сохранив пушки на «Мираже»– IIIC.
Но в Советском Союзе думали иначе, и Е-7 поступил на госиспытания без пушки. Возросший полетный вес машины привел к увеличению посадочной скорости до 260–290 км/ч, что усложнило пилотирование на этом, самом ответственном этапе полета. Но деваться некуда, и машину принимают на вооружение в надежде, что промышленность сумеет разрешить этот вопрос. Вооружение перехватчика размещалось лишь на двух крыльевых подвесках и состояло из двух ракет К-13. Было предусмотрено (после соответствующего дооборудования самолета) использование ракет РС-2-УС, но на практике дело до них не дошло. Допускалась подвеска двух блоков НАР УБ-16 или С-240, а также двух бомб калибра по 500 кг. На подфюзеляжной подвеске, как и прежде, размещался дополнительный топливный бак, вмещавший до 500 кг горючего. Позже, когда война во Вьетнаме выявила острую необходимость в авиационной артиллерии, для МиГ-21ПФ разработали подвесную гондолу ГП-9 с двухствольной пушкой ГШ-23 и боекомплектом 200 патронов.
Совместные госиспытания Е-7/3 и Е-7/4 завершились в конце июля 1961 года, а за месяц до этого с аэродрома завода № 21 взлетел первый серийный МиГ-21ПФ (изделие 76). В этом же году завод сдал заказчику 30 машин. Единственным оружием первых серийных перехватчиков были ракеты Р-3С, но они не обеспечивали всепогодного применения, поэтому заказчик вынужден был вернуться к РС-2-УС.
В мае – июле 1961 года на МиГ-21ПФ испытали доработанный радиолокатор ЦД-З0ТП. Спустя полгода в соответствии с решением Военно-промышленной комиссии от 25 мая 1961 года, МиГ-21ПФ, в дополнение к ЦД-30ТП, оснастили системой вооружения К-51 с ракетами РС-2-УС. Заводские испытания МиГ-21ПФ с ракетами начались 12 марта 1962 года, а государственные – с 20 ноября 1962-го и продолжались по 3 сентября 1963 года. При этом целями для ракет были беспилотные мишени Ла-17, МиГ-15 и Ил-28. Госиспытания завершились с положительным результатом и рекомендацией о принятии авиационно-ракетного комплекса на вооружение.
Фактически РС-2-УС дополнили арсенал лишь модернизированного перехватчика МиГ-21ПФМ.