В ноябре 1941 г. по результатам первого этапа летных испытаний фронтовой бомбардировщик «103», разработанный в тюремном ОКБ НКВД под руководством А. Н. Туполева, был рекомендован к серийному производству. 28 марта 1942 г. вышел приказ НКАП № 234с о переименовании самолета «103» в Ту-2. Для развертывания серии Ту-2 на завод № 166 в Омск направлялись необходимые станки и оборудование, в том числе и с поликарповского опытного завода № 51. Отметим, что на завод № 166 претендовал и А. С. Яковлев.
До 15 июля из сборочного цеха удалось выкатить первые семь серийных машин, но затем дело встало: из-за многочисленных аварий (в основном связанных с винтомоторной группой и недостатками конструкции шасси) военные отказались принимать самолеты. Для выяснения положения дел НКАП направил на завод № 166 специальную комиссию. Ее председателем был назначен Н. Н. Поликарпов.
Николай Николаевич оказался в сложном положении. Он понимал тонкую дипломатическую игру наркомата. Он понимал, что развертывание серийного производства Ту-2, во-первых, делает невозможным возвращение станков на завод № 51, во-вторых, фактически означает свертывание работ по НБ с близкими характеристиками. Но Поликарпов также понимал и то, что Ту-2 уже построен и испытан, что машина подобного класса очень нужна фронту, что для недавно выпущенного на свободу А. Н. Туполева прекращение серийной постройки Ту-2 может послужить поводом для отстранения от активной творческой деятельности или даже для нового ареста, а для еще находящихся в заключении сотрудников его ОКБ — отдалением срока выхода на свободу. И все же, несмотря на груз прежних обид, Николай Николаевич постарался помочь Туполеву и дать наркомату объективную картину о положении дел с Ту-2.
В «Общем заключении комиссии НКАП», подписанном Поликарповым 23 июля 1942 г., говорилось:
В Омске Николай Николаевич встретился с Д. Л. Томашевичем. Его досрочно освободили в июле 1941 г. и вместе с коллективом ОКБ завода № 156 направили в эвакуацию, где под руководством Томашевича был спроектирован истребитель И-110.
Принципиальная позиция Поликарпова позволила отстоять постройку Ту-2, сыгравшего свою роль в сражениях 1941–1950 гг. Правда, 10 октября 1942 г. по конъюнктурным соображениям НКАП все же отдал приказ № 763 о прекращении производства Ту-2 на заводе № 166 и Ил-2 — на заводе № 381 и о внедрении вместо них, соответственно, истребителей Як-9 и Ла-5. И лишь спустя год, в июле 1943 г., вновь вернулись к серийной постройке Ту-2.
Но тогда, летом 1942 г., внедрение в серию Ту-2 сказалось на судьбе бомбардировщика НБ.