С 1800-ого года в Йене, благодаря ходатайству Шеллинга, появился новый преподаватель - Гегель. Они некоторое время весьма плодотворно сотрудничали (вместе издавали "Критический философский журнал"). В 1803 году Шеллинг покинул Йену и стал преподавать в Вюрцбургском университете. В 1809 году вышел в свет первый том его "Философских произведений", где была напечатана работа "Философские исследования о сущности человеческой свободы". Данное сочинение ознаменовало глубоко пережитый философом идейный поворот: преимущественный интерес к природе, к естествознанию сменился глубоким вниманием к проблемам истории, государства, человека, искусства, религии (См.: Мотрошилова Н.В. Фридрих Вильгельм Шеллинг //История философии: Запад - Россия - Восток. - С. 426-427).
Но чтобы осознать всё значение данного поворота, к которому мы ещё вернёмся, обратимся сначала к логике движения шеллинговской мысли.
Шеллинг, идя вслед за Фихте, усматривает Абсолютное в самосознании высшего типа, в "Я". Потом в поисках первоначала он обращается к природе, видя в последней то, что предшествует индивидуальному самосознанию. Далее его мысль развивается в том плане, что первоначало находится в предшествующем природе абсолютном духе, "бессознательном интеллекте", который трактуется в виде неразличимого тождества субъекта и объекта ("философия тождества"). Наконец, Шеллинг признаёт Абсолютом личного Бога, по отношению к которому всё остальное выступает в качестве его "откровения".
Наибольший интерес среди перечисленных этапов развития мысли Шеллинга представляют в силу своей содержательности натурфилософия, "трансцендентальный идеализм" и философия тождества. Данные вехи философского движения тесно связаны между собой и в своей совокупности образуют то, что сам Шеллинг называл впоследствии "негативной" или "отрицательной" философией. Философия раннего Шеллинга действительно очень богата "рациональными зёрнами", насыщена диалектическими проблемами и намётками их диалектического решения (См.: Кузнецов В.Н. Указ. соч. - С. 168).
Важными для понимания философии религии Шеллинга являются такие его сочинения, как "Изображение моей системы философии" (1801), диалог "Бруно" (1802), "Философия и религия" (1803). В этих работах он представляет структуру философии следующим образом: фундаментальной философской дисциплиной, на которой покоятся философия природы и философия духа (т.е. трансцендентальная философия), является метафизика. "Ибо Абсолют, - пишет Шеллинг, - который по своей структуре есть абсолютное тождество, объединяет в себе бытие и познание; самому ему принадлежит высшее метафизическое достоинство... Шеллинг теперь ведёт дело к метафизике Абсолюта через триединый тезис: ... есть лишь одна абсолютно-первая Истина, один Предмет и только одна философия" (Troxler J.P.V. Schellings und Hegels erste Metaphysik (1801-1802) /Hg. K. Dusing. Koln, 1988. - S. 134-135),
"С историко-философской точки зрения, - пишет Н.В. Мотрошилова, кумирами Шеллинга (а отчасти и Гегеля) в первые годы XIX в. становятся Спиноза, древнегреческие философы (особенно Гераклит и Платон), Дж. Бруно. Полагая, что философия только Одна, Едина и служит развитию лишь Одной истины - одного Абсолюта, Шеллинг, тем не менее, считает возможным дать типологию философских систем, выделяя спекулятивный материализм (ионийские натурфилософы), интеллектуализм (Платон и Лейбниц), реализм как высший этап спекулятивного материализма (Спиноза) и идеализм (Фихте). Эти подходы высвечивают то одну, то другую сторону Абсолюта (См.: Мотрошилова Н.В. Указ. соч. - С. 434). Шеллинг, таким образом, стремился к синтезу различных элементов в понятии Абсолюта. При этом на первый план он выдвигал отвергнутое Кантом "интеллектуальное созерцание", а не научный разум. Шеллинг критикует кантовское учение, согласно которому "конструкция понятий в чистом созерцании ограничивается математикой..." (См.: Troxler J.P.V. Ibid. - S. 155). Ни Кант, ни Фихте, по его мнению, не понимают всего содержательного богатства идеи "единства Абсолютного", которое представляет собой единство истины и красоты, и которое можно уловить лишь путём "созерцания".