Для среднего неолита характерна стожка Залесье II, на юго-восточном побережье оз. Селигер в устьевой части Селижаровского плеса. Ценность стоянки не только в значительной площади, в насыщенности культурного слоя, но и в территориальной близости к мезолитической стоянке Залесье I, что оттеняет специфику обоих памятников. Обе стоянки занимают небольшой песчаный мыс при том, что Залесье I находится на верхней части, а Залесье II — на склоне боровой террасы. Раскопом были охвачены оба памятника, что позволило установить факт возникновения неолитической стоянки лишь после отступания оз. Селигер. Культурный слой Залесье II — гумусированый песок — подстилался желтым песком, переходящим на границе с мезолитической стоянкой в крупнозернистый песок с крупной галькой. Здесь отчетливо зафиксирована волноприбойная линия древнего Селигера.
В индустрии ощутима связь с предшествующим периодом. Встречаются наконечники на пластинах, угловые резцы на массивных отщепах и пластинах, острообушные тесла и топорики, обработанные полностью с одной и лишь частично с другой стороны, скребки. Однако, отчетливо выступают новые черты — двусторонне обработанные наконечники стрел листовидной и ромбической формы, наконечники копий, большое количество проколок и сверл из отщепов. Пластины использованы после вторичной обработки в качестве ножей. Сериями представлены пластинчатые отщепы с одним ретушированным краем и специальные ножи на массивных отщепах, ретушированных по обеим краям. Есть фигурный кремень. Топорики и тесла острообушные, на массивных отщепах.
Сосуды крупного размера с примесью песка, сильно обожженные, остродонные, с отрытым горлом и утолщенным краем. Орнамент покрывает всю внешнюю поверхность, включая днище. Преобладающие элементы — различные гребенчатые отпечатки, иногда мелкие (пунктирные), встречается «челноковый» орнамент. Глубокие конические ямки редки, обычно они заменяются мелкими ямчатыми вдавлениями. Узор зональный, иногда несложный геометрический. Встречаются сосуды с накольчатым орнаментом. Как и в кремневой индустрии, в керамике прослеживается связь с ранненеолитической.
Опорный памятник позднего этапа культуры Заболотье II. Сосуды этого времени крупные, с утолщенным краем, острым или уплощенным дном, с органической или неорганической примесью. Судя по тождественному орнаменту, в подавляющем большинстве случаев удлиненной гребенке, образующей вертикальный сплошной «елочный» узор — сосуды с различными примесями не расчленяются хронологически. Они наиболее типичны, для позднего неолита. Небольшую группу составляют сосуды с примесью крупных зерен кварца, украшенные тонкими нарезными линиями и мелкими вдавлениями, образующими геометрический узор. Очевидно, они относятся к самому концу позднего неолита — началу эпохи раннего металла.
В Заболотье II обнаружены кострища, скопления керамики и места для изготовления орудий. Прослежены остатки сооружения в виде темного, гумусированного пятна подчетырехугольных очертаний, размером 6×6 м, углубленного в материк до 0,8 м. Внутри и рядом с ним находились ямы, заполненные темным гумусом с примесью углей. Возможно, здесь было жилище. Большое число обломков сосудов и масса керамических штампов, находившихся вблизи сооружения предполагает, что здесь было сосредоточено изготовление сосудов.
Одной из характерных особенностей валдайской неолитической культуры являлось наличие значительного количества мастерских по добыче и первичному расщеплению кремня. Этот поделочный материал встречался в изобилии. Местами его пласты обнажены по долинам реки или озера, или выходят на берег единым массивом или залегают непосредственно на берегу. Добыча велась с поверхности, не требуя устройства шахт, условия позволяли не только добывать здесь кремень, но и производить первичное его расщепление и заготовки орудий. В соответствии с этим, в местах выхода кремня возникали мастерские по первичной его обработке, в ряде случаев имевшие значительные размеры.