В 1783 году в Охотске было построено три морских корабля-галиота: «Святой Симеон», «Архистратиг Михаил» и «Три Святителя». За следующие три года именно эти охотские корабли доставили на Аляску первые экспедиции, фактически основавшие всю «Русскую Америку» и положившие начало знаменитой Российско-Американской компании. В следующие десятилетия именно Охотск был главным портом для кораблей и экспедиций, осваивавших просторы Северной Америки от Аляски до Калифорнии.
Император Павел I сделал город Охотск главным центром большой области, которая включала в себя все российские берега Охотского моря, Чукотку и Камчатку. В самом начале XIX столетия именно в Охотске базировались «Юнона» и «Авось» – принадлежащие Российско-Американской компании корабли, которые в будущем, в конце ХХ столетия прославит популярная рок-опера, названная по их именам.
Осенью 1812 года, когда далеко на западе в ходе войны с Наполеоном сгорела Москва, город Охотск тоже был разрушен, но не врагом, а природной стихией – разбушевавшееся море затопило почти все городские постройки. И весной 1815 года город в который раз перенесли на другое место, на противоположный берег реки Охоты. На этом месте Охотск стоит и в настоящее время. На морском берегу вблизи устья реки впервые было построено современное для тех лет укрепление – береговая батарея для обороны порта.
К тому времени торговый оборот Охотского порта достигал довольно значительной суммы – 155 тысяч рублей ежегодно, а в состав приписанной к Охотску флотилии входило 5 мореходных кораблей. В течение следующих 5 лет на городских верфях построят еще 3 морских брига. Процветала в те годы и Российско-Американская компания, корабли которой были постоянными гостями Охотска. Так в 1821 году, комендант российского форта Росс в Калифорнии Иван Кусков, на корабле «Мария» доставил в Охотск двадцать тысяч испанских пиастров (свыше 500 кг серебра), вырученных от торговли на тихоокеанском побережье Америки.
В том году в Охотске насчитывалось 982 жителя, спустя десятилетие, к 1833 году их число вырастет до 1100 человек. Это будет пик развития Охотска, как главного порта России на Тихом океане.
Середина XIX века навсегда изменила судьбу Охотска, превратив его из важнейшего порта в неприметный приморский посёлок. Во-первых, русские моряки освоили кругосветные плавания, и значительную часть грузов для Камчатки и русской Аляски теперь доставляли прямо из Петербурга. Корабли с Балтики регулярно отправлялись вокруг всей Западной Европы и Африки, мимо Индии, Китая и Японии к дальневосточным землям России. Даже такое кругосветное путешествие было дешевле, чем везти грузы по суше через весь Евразийский континент, из европейской части России к далёкому Охотску, а там перегружать их на корабли Охотской флотилии.
Негативную роль в судьбе Охотска сыграла и сложность дороги, соединявшей этот порт с Якутском. Помимо того, что сам центр Якутии еще требовалось достичь, проехав тысячи вёрст Сибирского тракта до Иркутска, а затем преодолев немалые расстояния по притокам и водам Лены, имевшаяся дорога от Якутска до Охотска была чрезвычайно трудна даже по сибирским меркам.
Подробное описание «Якутско-охотского тракта» оставил известный русский географ XVIII столетия Степан Крашенинников. Он выехал из Якутска 5 июля 1737 года и достиг Охотска спустя 46 суток, преодолев 1014 вёрст. «Труднее проежжей дороги представить нельзя», – резюмировал путешественник, указывая, что «тракт» всё время шёл по берегам рек или лесистым горам, пересекая каменные россыпи и болота. «Берега обломками камней так усыпаны, – пишет Каршенинников, – что тамошним лошадям надивиться нельзя, как они с камня на камень лепятся. Впрочем, ни одна с целыми копытами не приходит до места. Горы чем выше, тем грязнее; на самых верхах ужасные болота и зыбуны, в которые ежели вьючная лошадь провалится, то освободить ее нет никакой надежды. С превеликим страхом смотреть должно, коим образом земля впереди сажен за 10 валами колеблется…»
В новом XIX веке «Якутско-охотский тракт» не стал короче и удобнее. Для перевозки по нему грузов в дикой, почти безлюдной местности приходилось содержать множество лошадей и ездовых собак. Но в 1834 году вспыхнувшая эпидемия сибирской язвы убила 5 тысяч лошадей, почти всех животных, обслуживавших перевозку грузов от Якутска до Охотска. Тогда в далёком Петербурге впервые задумались о перенесении главного порта куда-то в более удобные места.
Сначала порт попытались перенести южнее почти на 500 вёрст, основав в 1843 году на берегу Охотского моря посёлок Аян, путь к которому из Якутска был немного короче и легче «Охотского тракта». Однако, и новый порт был далёк от идеала, поэтому в столице Российской империи долго не решались определить окончательную судьбу Охотска. И в 1849 году на берега Охотского моря из столицы был отправлен молодой гвардейский капитан Михаил Корсаков.