На Южный Сахалин постепенно возвращалась мирная жизнь. Появились первые вывески на русском языке, зачастую с ошибками. По воспоминаниям советских солдат их особенно веселили надписи «Сапоги-доктор» или «Часы-доктор» – так японцы неумело перевели на русский название мастерских по ремонту обуви и часов.
В лесах Южного Сахалина японским командованием заранее были подготовлены тайные склады продовольствия и оружия, чтобы развернуть партизанское движение в случае войны. Но партизанить против советской власти японцы так и не начали. Из почти 300 тысяч населения с оружием в лесах осталось менее сотни человек, организовавших диверсионный отряд «Боетай». Единственной их заметной акцией стал поджог домов в городе Сисука (ныне г. Поронайск) и убийство в октябре 1945 года капитана контрразведки «Смерш» Николая Земляницкого. К началу 1946 года всех несостоявшихся партизан Сахалина переловили советские контрразведчики не без помощи местных жителей-японцев.
В итоге под управлением СССР оказалась самая настоящая японская область с населением свыше 300 тысяч человек, двумя десятками городов и крупных посёлков, большим количеством деревень. Необходимо было налаживать жизнь и экономику этой «Японии в миниатюре», которая так отличалась от русских привычек и традиций.
Уже 27 августа 1945 года, через двое суток после окончания боёв за Южный Сахалина, была создана советская военная администрация для управления японской частью острова. Её возглавил генерал-майор Михаил Алимов – донскому казаку и танкисту Алимову ещё в 1938 году пришлось сражаться с японскими войсками у озера Хасан, в августе 1945 года он командовал передовым отрядом 2-го Дальневосточного фронта во время боёв за Южный Сахалин. Именно отряд Алимова первым вошёл в город Тойохара, столицу японской префектуры Карафуто (ныне г. Южно-Сахалинск – центр Сахалинской области).
Администрации генерала Алимова пришлось решать множество неотложных задач – например кормить и возвращать по домам массы японских беженцев, скопившихся в августе 1945 года в портах Южного Сахалина в тщетной надежде бежать с острова до прихода советских войск. Однако, военная администрация была временным явлением – огромной территории, протянувшейся с севера на юг почти на полтысячи километров и с населением в сотни тысяч человек, требовалось нормальное гражданское управление. Тем более что вскоре было официально объявлено о присоединении Южного Сахалина к нашей стране.