Примирение оказалось делом трудным и затяжным; Лютер, превозмогая болезнь, бился над ним в течение двух недель. 16 февраля за ужином зашел разговор о болезнях и смерти. Изнуренный Мартин мрачно пошутил: «Если я снова благополучно вернусь в Виттенберг, то распоряжусь, чтобы меня сразу положили во гроб и не мешали червям поедать толстого доктора». Перед сном Лютер сделал свою последнюю запись: «Чтобы понять буколики и георгики Вергилия, надо пять лет прожить пастухом или поселянином; чтобы по достоинству оценить письма Цицерона, надо двадцать лет быть чиновником крупного государства. Священное же писание не может в должной мере оценить тот, кто в течение ста лет не правил церковью пророков… Мы нищие. Воистину это так!»
Утром следующего дня он был крайне беспокоен и сказал, между прочим: «Здесь, в Эйслебене, я крещен, чтó как мне суждено здесь и опочить». Вечером начались уже хорошо знакомые ему боли в груди.
До полуночи Лютер проспал, а пробудившись, почувствовал себя совсем дурно. Он разбудил дежурившего при нем Йонаса и сказал: «О боже, как больно». Ему помогли перейти в большую комнату. Распростертый на ложе, Лютер несколько раз читал молитвы, а потом затих. Он походил теперь на старого, грузного мужика, которого по ошибке обрядили в тонкое господское полотно. В двери заглядывали графы, предлагали свои услуги и выражали участие. Только теперь, когда пульс уже не прослушивался, послали за лекарями. Прибыли сразу двое — доктор и магистр медицины — и проделали над больным какие-то манипуляции. Через некоторое время Лютер снова пришел в себя, но уже оставался за завесою смерти. Едва можно было расслышать, как он с отчаянным жизнелюбием прошептал: «Боже, как это больно и страшно — уходить в иной мир». Йонас наклонился к нему и настойчиво просил сказать присутствующим, верит ли он в учение, которое проповедовал. Умирающий реформатор тихо, но твердо ответил «да»; это было последнее его слово.
Мартин Лютер скончался 18 февраля 1546 года на шестьдесят третьем году жизни в городе, где родился. 22 февраля тело реформатора, уложенное в массивный оловянный гроб, было доставлено в Виттенберг. У Эльстерских ворот, где когда-то была сожжена папская булла, катафалк был встречен делегацией от университета, магистрата и прихожан. Процессия проследовала к Замковой церкви, в которой гроб должен был находиться до распоряжения курфюрста относительно места погребения. При внесении гроба в храм Бугенхаген и Меланхтон произнесли речи.
Бугенхаген возвел Лютера в высочайший небесный чин. Он сказал, что реформатор, без сомнения, был ангелом, о котором возвещается в 14-й главе Апокалипсиса. Меланхтон в своей речи намекал на то, что со смертью Лютера приходит к концу эпоха протестантской непримиримости. Выходило даже, что это собственный завет реформатора, но только высказанный не словами, а всем его непонятым человеческим существом. «Всякий, кто был с ним знаком и близок, — увещевал Меланхтон, — должен признать, что он был более чем добрый, благосклонный и дружелюбный человек… Жесткость, которую он позволял себе в сочинениях против врагов чистого учения, проистекала не от злобного и сварливого нрава, а от великой серьезности и жажды истины».
По иронии судьбы день Лютеровых похорон оказался днем св. Петра, а по старому католическому календарю — днем почитания папского престола. Когда гроб с телом реформатора опускали в пол Замковой церкви, хор грянул гимн «Tu, Petrus», в котором, в частности, провозглашалось, что учрежденный апостолом престол (римский, папский) не смогут покачнуть все силы ада. Все выглядело так, словно в виттенбергскую церковь ворвалась начинающаяся контрреформация.
В Риме весть о смерти Лютера была встречена с ликованием. В церквах служили благодарственные молебны. Секретарь одного из папских сановников писал другому: «Нынче мой господин радостно сообщил гостям, собравшимся за его столом, достоверное известие, которое пришло из Германии. Архиеретик Мартинус Лютер умер, и прощание с ним было ужасным. Многие бесы кружили над грешником в час смерти и вытворяли такое, что уж никто больше не пожелает именоваться лютеранином».
Россказням о бесах в Ватикане верили немногие, но многие предрекали скорый закат обезглавленной «виттенбергской ереси». Надеждам этим не суждено было осуществиться. Даже успешный карательный поход против протестантских князей, вскоре предпринятый Карлом V, не смог пресечь лютеранства в Германии.
Трезвый и внимательный наблюдатель мог заметить, что и сама кончина Лютера никак не предвещала торжества папства: «архиеретик Мартин» умер непобежденным. Он не раскаялся, не взошел на костер, и прах его, вместо того чтобы быть развеянным по ветру, был торжественно захоронен в крипте той самой Замковой церкви, на дверях которой появились когда-то Тезисы, возвестившие о начале антифеодальной религиозной революции.