В начале 1990-х гг. транспортный плавдок для подводных лодок ТПД-9 списан на слом, а военные транспорты ВТР-93 и ВТР-94 стояли в отстое. В ходе раздела Черноморского флота ВТР-93 1 августа 1997 г. отошел украинской стороне, вошел в состав ВМС Украины, где получил новое название «Джанкой» (бортовой U754). А ВТР-94 отошел российской стороне и в настоящее время входит в состав флота с базированием на бухту Южная, Севастополь, и активно используется по прямому предназначению.
Три буксира: МБ-160, МБ-173, МБ-174 (пр. 733) в 1997 г. отошли российской стороне. МБ-160 был выведен из состава Черноморского флота в 2008 г., экипаж расформирован, и буксир был поставлен на отстой в Южной бухте Севастополя. В начале 2009 г. буксир перевели на судоразделочную базу в Инкерман, где и разделали на металл. МБ-173 в 2013 г. входил в состав 1-й группы 205-го отряда управления вспомогательного флота с базированием на бухту Южная, Севастополь.
В настоящее кладбище превратилась 230-я щитовая станция, расположенная в бухте Стрелецкая. Семь больших и 18 малых корабельных щитов частью были разбиты при стрельбах, а частью полузатоплены.
СМ-15 в 1997 г. отошло украинской стороне. В ВМС Украины имело то же название, однако в строй не вводилось и по назначению не использовалось. Было исключено из состава ВМС 7 ноября 2012 г., по состоянию на осень 2013 г. находилось в бухте Стрелецкая (Севастополь) на отстое. СМ-294 в 1997 г. отошло российской стороне. В настоящее время используется по назначению, базируется на Феодосию.
СМ-304 в 1997 г. отошло российской стороне. К началу 2014 г. входило в состав 280-я щитовой станции ЧФ, базируется на бухту Стрелецкая (Севастополь).
Шесть рейдовых катеров, буксирный катер, шестнадцать баркасов и три вспомогательных судна находились в ветхом состоянии и годились лишь на слом.
Из состава 281-го управления начальника плавсредств главной базы флота было списано два морских буксира – МБ-34 и МБ-65, две баржи, рейдовый катер и плавкран. А военный транспорт ВТР-75 (пр. «Тисса») продан в 1991 г. киностудии, переоборудован для съемок под лайнер и утоплен в районе бухты Ласпи. По сценарию он изображал историю пассажирского парохода «Адмирал Нахимов». Наименование затопленного транспорта (ВТР-75) получило ОС-265, упоминавшееся ранее.
Служба тыла Черноморского флота располагала к началу 1990 г. кораблем управления «Ангара». Эта шикарная яхта коман дующего флотом являлась трофеем войны, но находилась в идеальном состоянии. 26 февраля 1995 г. по халатности экипажа в ее машинном отделении вспыхнул пожар. Потушить его корабельными средствами не удалось. Лишь с прибытием пяти городских пожарных машин удалось отстоять «Ангару» от огня. После пожара корабль восстанавливать не стали. С января 1996 г. «Ангара» переведена в ранг плавказармы и стала именоваться ПКЗ-14. На май 2014 г. корпус «Ангары» ржавел в Южной бухте Севастополя рядом с плавдоком ПД-16. А ведь в начале 1990-х за нее Германия выложила бы кругленькую сумму в валюте. Для немцев этот корабль ценен, как историческая реликвия минувшей войны.
Два других корабля управления – «Даурия» и «Тамань» (пр. 596П) сохранились неплохо, но «Тамань» 7 февраля 1996 г. была передана Украине и переименована в «Ивано-Франковск» (бортовой номер U704). А «Даурия» 29 декабря 2004 г. был исключен из списков флота.
Поисковый корабль «Стрелок» (пр. 266.6) использовался для связи с глубоководными аппаратами и остался без работы. В 1997 г. корабль был поставлен в отстой в Севастополе, а в 2002 г. списан, разоружен и разобран на металл в Севастополе.
Расформированию подверглась 36-я бригада поисково-спасательных кораблей из пяти единиц проекта 536П. Ушел на Балтику в 1991 г. ПСК «Ямал». В феврале 1996 г. ПСК «Баскунчак» передали Украине и переименовали в «Черновцы». 30 июня 1990 г. исключен из состава флота «Донбасс», а затем продан. Лишь «Апшерон» и «Севан» еще оставались в строю.
15 сентября 1997 г. после окончания ремонта в Варне «Апшерон» был включен в состав 37-й бригады аварийно-спасательных судов. 1 мая 1998 г. корабль был переведен в класс морские поисково-спасательные суда, подкласс спасательные суда. 1 августа 2001 г. вошел в состав сформированного 255-го дивизиона 37-й бригады аварийно-спасательных судов. Корабль был списан в мае 2009 г., находился на отстое в Севастополе, Угольный причал. В июне 2009 г. был продан на слом украинской фирме, в октябре 2009 г. передан новому владельцу и отбуксирован в район Севастопольской ГРЭС на отстой. 31 декабря 2009 г. ПСК «Апшерон» был отбуксирован в порт Бургас (Болгария) на слом.
28 февраля 1996 г. поисково-спасательный корабль «Севан» был передан из расформированной 3-й бригады ПСК в состав 37-й бригады аварийно-спасательных судов ЧФ. 6 июля 1997 г. корабль передан из состава 162-го дивизиона 37-й бригады аварийно-спасательных судов ЧФ в состав 54-й бригады спасательных судов Балтийского флота, куда он прибыл 23 июня 1997 г. Летом 2002 г. корабль был исключен из состава Балтийского флота и продан на металлолом.