Экспедиция «Гиперборея» летом 1999 года, по словам Дёмина, не носила такого массового характера, как в предыдущие годы. Зато география исследований на Мурмане была значительно расширена: помимо традиционного маршрута на Ловозерские Тундры (так называют Ловозерский горный массив) и Сейдозеро, была произведена разведка новых районов, в том числе полуостровов Рыбачий и Средний. Уже тогда Дёминым и его соратниками задумывались новые маршруты в поисках Гипербореи по заповедным местам Карелии, Полярного Урала, Таймыра, Новой Земли и других северных районов России.
Как отметил Дёмин в своем отчете об экспедиции, третья попытка обнаружить таинственный подземный лаз, изображенный на фотографии Барченко, не увенчалась успехом. Зато обследовали на древней мощеной дороге огромный плоский камень, о котором упоминал Кондиайн из отряда Барченко, назвав его жертвенным алтарем. Размеры камня составляли 3,1 м х 2,9 м; толщина 21 см. Вызывало удивление только одно обстоятельство: как он мог оказаться прямо посредине древней дороги и кто мог переместить огромный кусок каменного монолита в это место.
Экспедиционный сезон 1999 года ознаменовался и другими интересными открытиями. Поисковая группа во главе с археологом А. Прохоровым обнаружила на горе Нинчурт разрушенную культовую постройку с двумя поваленными четырехгранными колоннами, тщательно обработанными, но сильно выветренными. Рядом лежали шестигранные цоколи, огромные отесанные гранитоидные брусы, образующие фундамент, и подобие ступеней, заканчивающихся ровной прямоугольной площадкой. На разбросанных вокруг плитах видны следы техногенной обработки — полуовальные вырезы диаметром до 40 сантиметров, явно предназначавшиеся для перекрытия из бревен. Найденный памятник, как отметил Дёмин, прекрасно вписывается в комплекс святилища Великой богини187.
Чтобы ответить на вопросы связанные с загадками Сейдозера, с легендой о его двойном дне, самые глубокие исследования (в прямом и переносном смысле) были проведены участниками экспедиции В. Н. Дёмина в июле 2001 года. В составе экспедиции были аквалангисты, геофизики, гидрологи. На вертолете доставили самую современную геофизическую аппаратуру для геолокации дна озера.
Как рассказывал Дёмин в одном из интервью, первые же контрольные погружения, сделанные аквалангистами в разных частях Сейдозера, не дали результатов. Плотный ил заполнял придонный котлован на глубину до 20 метров. Разглядеть или найти что-либо под таким «покрывалом» практически невозможно. Тогда было решено «прочесать» озеро с помощью эхолота и георадара. Приборы показали, что достаточно ровное дно на мелководье вдруг обрывалось и уходило на глубину 20, а то и 30 метров. Электромагнитный луч геолокатора, пущенный с резиновой лодки, свободно проникал сквозь многометровые отложения ила и давал на экране компьютера не без помех, но все же достаточно точную картину дна — как по контуру, так и на придонной глубине. В лагуне, над которой нависает гора Нинчурт, сначала эхолот, а затем и радар зафиксировали два глубоких колодца. Куда же они вели? Один из аквалангистов решился спуститься под воду и на глубине нашел отверстие диаметром не менее 70 сантиметров, уводящее в неизвестность. Погружаться туда он поостерегся… По показаниям георадара, подводный лаз уводил куда-то под гору Нинчурт, смыкаясь, возможно, с какими-то ее внутренними пустотами. Но самым удивительным было то, что георадар зафиксировал под плитами эти пустоты, словно они укрывали какой-то неведомый подводный тоннель.
Первые же замеры с помощью георадара дали сенсационные результаты: оказывается, вблизи Сейдозера, непосредственно под древней поляной, где прежде располагалось саамское поселение, находится обширная подземная пустота или пещера. Начиналась она на глубине 9 метров и уходила за 30-метровую отметку (это был предел для показаний прибора). Как вспоминал В. Н. Дёмин, перед участниками экспедиции предстала удивительная картина, когда они наконец получили обработанные данные. Общая длина георадиолокационного профиля Сейдозера — два километра, и ведет он от реликтовой поляны к подножию горы Нинчурт. Геологи были в недоумении: как образовался в здешних скальных породах (где не должно быть пещер) настоящий подземный ход, ведущий в сторону горы? Обширная пустота под поляной может быть карстовой промоиной в рыхлых отложениях, но под дном озера, судя по локационному профилю была не промоина, а настоящее подземелье с каменным полом. Значит, двойное дно Сейдозера — уже не легенда, а реальность.
Еще один сюрприз преподнесла исследователям «мощеная дорога», найденная Барченко. Оказалось, что каменная кладка прослеживается и в глубине, уходя на полтора метра под землю. Не исключено, предположил В. Н. Дёмин, что мы имеем дело с неким оборонительным укреплением.