28 декабря 1959 года Поуп был предан военному суду. Против него было выдвинуто обвинение в совершении шести бомбардировочных налетов по заданию мятежников и в убийстве двадцати трех индонезийцев, в том числе семнадцати военнослужащих. Высшей мерой наказания за это предусматривалась смертная казнь.
На этом процессе, затянувшемся на четыре месяца, Поуп не признавал себя виновным. Он заявил, что совершил лишь один боевой вылет — 18 мая. Другие вылеты, показывал он, были разведывательного или небоевого характера. В противовес утверждению, что он подписал контракт на сумму 10 тысяч долларов, он заявил, что получал лишь 200 долларов за вылет.
Суду был представлен дневник, отобранный у Поупа при его пленении. В нем имелись подробные записи о различных бомбардировочных налетах. Поуп утверждал, что в записях перечислены вылеты не только его, но и всех летчиков, работавших на мятежников. Такой же ответ он давал, когда речь шла о показаниях, данных им до процесса; он подчеркивал, что отказался подписать протоколы предварительного следствия.
На вопрос о действительных мотивах его прихода к мятежникам Поуп ответил: «Ваша честь, я дерусь с коммунистами с двадцатидвухлетнего возраста — сначала в Корее, потом у Дьан-Бьен-Фу… Я не несу ответственности за смерть индонезийцев, вооруженных или безоружных. Я достаточно долго был мишенью для коммунистической прессы, которая требовала смертного приговора для меня».
29 апреля 1960 года суд вынес смертный приговор, но казалось маловероятным, что он будет приведен в исполнение.
В ноябре Поуп обжаловал приговор, и, когда апелляционный суд подтвердил его, он перенес дело в Верховный военный суд. Поуп 28 декабря обратился лично к Сукарно, когда тот совершал поездку по стране, но результаты были не особенно ободряющими, несмотря на перспективу улучшения отношений между Сукарно и Кеннеди, недавно избранным на пост президента.
Через месяц после того, как Кеннеди принял свой пост, Сукарно получил приглашение посетить Вашингтон. При посещении Вашингтона с официальным визитом в 1956 году индонезийский лидер был хорошо принят президентом Эйзенхауэром; осенью 1960 года, прибыв на сессию ООН, он с трудом добился второй встречи с Эйзенхауэром. В течение большей части своей поездки в Соединенные Штаты Сукарно чувствовал к себе пренебрежительное отношение. Приглашение Кеннеди польстило ему и обрадовало.
Лидеры встретились в Белом доме: это было через неделю после событий в кубинском заливе Кочинос. Встреча прошла довольно хорошо, но Кеннеди был смущен последней неудачной попыткой Центрального разведывательного управления поднять кубинский народ на революцию.
При этой встрече Кеннеди заметил одному из своих помощников: «Ничего удивительного, что Сукарно не особенно нас любит. Ему приходится сидеть с людьми, которые пытались свергнуть его».
Однако было видно, что Сукарно все же хорошо расположен к новому правительству Кеннеди. В феврале следующего года Роберт Кеннеди во время визита доброй воли в Индонезию просил Сукарно освободить Поупа. (К этому времени уже наметились успехи в переговорах об освобождении пилота самолета U-2 Френсиса Пауэрса, и в Белом доме испытывали удовлетворение от того, что в отличие от пилота Центрального разведывательного управления Пауэрса, который свободно рассказывал о своем хозяине, Поуп держал язык за зубами.)
Первой реакцией Сукарно на просьбу Роберта Кеннеди был решительный отказ, но, когда министр юстиции США продолжал настаивать на своем, он согласился принять его просьбу во внимание. Спустя шесть месяцев, 2 июля 1962 года, Поуп без предупреждения был освобожден из заключения и доставлен в американское посольство для опроса послом и другими должностными лицами. Затем его на самолете отправили в Соединенные Штаты.
В течение семи недель Поуп нигде не показывался, и до 22 августа Госдепартамент не заявлял о его освобождении. Поуп настоял на том, чтобы его не подвергали секретному допросу, какому был подвергнут Пауэрс в Центральном разведывательном управлении по его возвращении из России. Госдепартамент объяснял его упорное молчание тем, что Поуп просил держать в секрете факт его освобождения, чтобы иметь возможность в спокойной обстановке встретиться с семьей.
Вернувшись в Майами, Поуп, казалось бы, счастливо зажил со своей семьей; но в декабре миссис Поуп подала на развод, обвинив его в «крайней жестокости» и «потворстве вспыльчивому и неуправляемому характеру».
На слушании по бракоразводному процессу 2 июля 1963 года миссис Поуп показала, что по возвращении из Индонезии ее муж настоял на том, чтобы держать заряженный пистолет 38-го калибра у их кровати, несмотря на потенциальную опасность для двух их маленьких сыновей.
Она также утверждала, что Поуп прислал ей всего 450 долларов с тех пор, как расстался с ней семь месяцев назад.