Сколько он пробыл на Афоне, патерик не сообщает, но известно, что было это в середине пятнадцатого века. Вернувшись в Россию, он, с благословения, ушел в одиночество из монастыря в Кириллове на реку Сорку, в болотистую, безжизненную местность за пятнадцать верст. Установил крест, выкопал колодезь, поставил часовню, хотел жить один, но к нему собралась братия, и тогда они совместно поставили церковь.
«Теперь преселился я вдаль от монастыря, – писал преподобный одному из сподвижников, – нашел благодатию Божиею место, мало доступное для мирских людей… Живешь ли отшельнически или в общежитии, внимай Святому Писанию и следуй по стопам отцов. Святое Писание жестоко лишь для того, кто не хочет смириться страхом Божиим и отступить от земных помышлений жить по своей воле. Писание не для нас писано, но должно быть исполняемо и в наше время. Слова Господни всегда будут для нас словами чистыми, как очищенное серебро, заповеди Господни для нас дороги более, чем золото и драгоценные каменья, сладки более, чем мед».
И опять же – не мог светильник укрыться даже в таких глухих местах. Жизнь преподобного изумляла современников. Учение преподобного Нила о нестяжательстве на все времена стала примером для монашествующих. Он учил до последней степени отложить мирские пристрастия и стремиться душой к одному горнему.
Преподобный Нил был участником собора 1508 года, где разбиралась ересь жидовствующих. Ревнители православия архиепископы Иосиф Волоцкий и Геннадий Новгородский видели в преподобном Ниле своего сторонника в деле очищения Святой Руси от заезжих идей и нашествия на веру Христову.
Надо заметить, что святогорцы преподобные Нил и Максим Грек были знакомы, хотя последний много моложе Нила.
Перед своей кончиной преподобный просил, чтобы его грешное тело выбросили на съедение зверям, ибо «оно тяжко согрешило пред Богом и недостойно погребения». И прибавил: «Сколько возможно было по силе моей, старался я не пользоваться никакою честию на земле, в этой жизни, так пусть и будет и по моей смерти».