Однако подобная гуманность продолжалась недолго. Новой государственной власти не удалось в силу собственной некомпетентности и отчасти в силу противодействия сотрудников прежнего государственного аппарата наладить эффективную работу предприятий, учреждений и организаций. Стране и армии угрожал голод. В обиход ВЧК вошло слово «саботаж».
В ноябре 1917 года в обращении Военно-революционного комитета «Ко всем гражданам России» говорилось:
Богатые классы оказывают сопротивление новому Советскому правительству — правительству рабочих, солдат и крестьян. Их сторонники останавливают работу государственных и городских служащих, призывают прекращать службу в банках, пытаются прервать железнодорожное и почтово-телеграфные сообщения. Мы предупреждаем богатые классы и их сторонников: если они не прекратят свой саботаж и доведут до приостановки подвоза продовольствия, первыми тяготу созданного ими положения почувствуют они сами — богатые классы и их прислужники. Они будут лишены права получать продукты. Все запасы, имеющиеся у них, будут реквизированы.
По данным ВЧК, в 1918 году в России вспыхнуло 245 восстаний, мятежей и других боестолкновений. Осложнение обстановки в стране привело к дальнейшему повышению активности контрреволюционных сил и возникновению политических объединений, преследовавших цели захвата государственной власти. 21 февраля 1918 года Совнарком принимает декрет «Социалистическое Отечество в опасности» — органам ВЧК было предоставлено право внесудебной расправы. Это право предоставлялось лишь в местностях, объявленных на военном положении. Оперативные меры, предпринятые ВЧК, в сочетании с административным воздействием и судебными процессами дали основание лидеру большевиков В. И. Ленину в апреле 1918 года заявить: «теперь мы саботаж сломили…». Осложнение обстановки в стране привело к повышению активности сил контрреволюции, а исполнение функций защиты пролетарской революции было поручено ВЧК. По постановлению коллегии ВЧК 26 февраля были расстреляны известный бандит, самозванец князь Эболи и его сообщница Бритт, а 28 февраля — В. Смирнов и И. Заноза, под видом чекистов занимавшиеся грабежами в гостинице «Метрополь». С мая 1918 года расстрел стал распространяться на лиц, совершающих контрреволюционные преступления. Первым в этом ряду было дело бывших офицеров лейб-гвардии Семеновского полка братьев Череп-Спиридовичей. Они были акционерами и членами правления Веселянских рудников, национализированных новой властью. Братья были задержаны при попытке продать акции предприятия на сумму 5 млн. рублей. Их действия были квалифицированы как государственная измена и 31 мая 1918 года Череп-Спиридовичей расстреляли. Так, с момента применения внесудебной расправы — расстрела, ВЧК превратилась из органа розыска и дознания в орган непосредственной расправы с наиболее опасными государственными преступниками. За первую половину 1918 года чекистами было расстреляно 22 человека, однако в дальнейшем рост заговоров и мятежей привел к усилению карательных мер. С течением времени сопротивление советскому государственному и общественному строю стало приобретать все более ожесточенный характер. Не сумев достигнуть превосходства в открытых боестолкновениях, контрреволюционеры взяли на вооружение террористические методы, направив их против государственных и партийных деятелей нового режима.
1 января 1918 года был обстрелян автомобиль В. И. Ленина. В январе этого же года ВЧК была проведена операция по обезвреживанию подпольно действующей «Организации борьбы с большевиками и отправки войск на Дон генералу Каледину», действовавшей под прикрытием благотворительной организации, по оказанию помощи раненным офицерам и их семьям. Ее возглавляли бывшие офицеры царской армии Мешков, Ланской и Орел.
За период с начала июля до начала сентября 1918 года контрреволюционерами было убито свыше пяти тысяч сторонников Советской власти. Так, 20 июня 1918 года был убит член президиума Петроградского Совета, комиссар по делам печати пропаганды и агитации В. Володарский. Это побудило лидеров большевизма вновь заговорить о необходимости красного террора. В эти дни Ленин писал председателю Петросовета Г. Е. Зиновьеву и другим членам ЦК: